1、办公室（科技外事处）
2、规划计划处
3、水政与安全监督处（水政监察总队）
4、水资源处
5、财务处
6、人事处
7、建设与管理处
8、水土保持处
9、防汛抗旱办公室
10、监察
11、审计处（与监察处合署办公）
12、离退休职工管理处
13、直属机关党委
14、淮河工会（中国农林水利工会淮河委员会）（与直属机关党委合署办公）
淮河流域水资源保护局（副局级）
1、淮河水利委员会沂沭泗水利管理局（正局级）
2、淮河水利委员会治淮工程建设管理局（水利水电工程建设管理中心）（副局级）
3、淮河水利委员会水文局（信息中心）（副局级）
4、淮河水利委员会通信总站（正处级）
5、淮河水利委员会治淮档案馆（治淮宣传中心）（正处级）
6、淮河水利委员会淮河流域水土保持监测中心站（正处级）
7、淮河水利委员会水利水电工程技术研究中心（正处级）
8、淮河水利委员会综合事业发展中心（正处级）
9、淮河水利委员会后勤服务中心（正处级）
（一）淮河水利委员会事业编制总数为1710名，其中行政执行人员编制710名，公益事业人员编制1000名.
（二）领导职数
委领导职数6名。
委机关内设机构处级领导职数43名（含副总工程师3名）。
淮河流域水资源保护局领导职数4名，其中副局级领导职数1名，正处级领导职数3名。
委属二级事业单位领导职数32名，其中局级领导职数8名，处级领导职数24名。
淮河水利委员会参照公务员法管理各级机关人员编制分配表
| 序号 |
机构名称 |
行政执行 人员编制 |
| 一 |
委机关 |
170 |
| 二 |
淮河流域水资源保护局（机关） |
40 |
| 三 |
沂沭泗水利管理局（机关） |
100 |
| 1 |
南四湖水利管理局（机关） |
48 |
| （1） |
二级坝水利枢纽管理局 |
15 |
| （2） |
韩庄水利枢纽管理局 |
15 |
| （3） |
下级湖水利管理局 |
15 |
| （4） |
韩庄运河水利管理局 |
15 |
| （5） |
上级湖水利管理局 |
15 |
| （6） |
蔺家坝水利枢纽管理局 |
12 |
| 2 |
沂沭河水利管理局（机关） |
48 |
| （1） |
沂河水利管理局 |
18 |
| （2） |
沭河水利管理局 |
18 |
| （3） |
大官庄水利枢纽管理局 |
12 |
| （4） |
彭道口水利枢纽管理局 |
10 |
| （5） |
江风口分洪闸管理局 |
8 |
| （6） |
郯城河道管理局 |
10 |
| （7） |
河东河道管理局 |
12 |
| 3 |
骆马湖水利管理局（机关） |
48 |
| （1） |
邳州河道管理局 |
15 |
| （2） |
新沂河道管理局 |
14 |
| （3） |
沭阳河道管理局 |
14 |
| （4） |
灌南河道管理局 |
14 |
| （5） |
嶂山闸管理局 |
12 |
| （6） |
宿迁水利枢纽管理局 |
12 |
| 合 计 |
710 |
（来源：水利部文件 水人事【2009】644号）
