1、流域水质保护规划应在污染负荷调查的基础上，进行流域内干支流及湖泊、水库的水质现状评价；预测实施流域综合治理方案后的水质；提出水质保护专门措施及重点河流（河段）水质保护实施意见。
2、流域水体污染负荷调查，应在分析水质监测历史资料的基础上，着重查明重要污染源的分布、水污染物类型及其数量、排放规律、造成的危害等；对流域水体污染负荷的预测，应结合考虑不同水平年的经济发展和可能采取的治理措施进行分析。
3、流域现状水质评价应明确各河流（河段）的水质等级、主要生化指标及水质在年内的周期变化规律。
4、流域水质保护规划应以保护水源地的地表水、地下水水体和防治主要城镇河段岸边污染带为重点，研究水体功能，区分重点保护区与重点治理区，拟定相应的水质保护目标，根据规划水平年的规划供水量及污染预测，结合水体环境容量和稀释自净特性，实行污染物排放总量控制，拟定综合防治措施意见，并对主要污染源提出治理要求。
流域水质保护规划应干支流、上下游统一考虑，相互协调。
5、对流域综合治理方案中将较大改变水的天然时空分配的工程，应初步分析其对水质的有利与不利影响，提出消除和缓解不利影响的措施意见。
