治理垫资施工、拖欠工程款是一项复杂的社会工作，许多工作是施工企业自身难以做到的，所以，培养和规范建筑市场，营造合理公平的市场环境和机制，给施工企业创造良好的竞争环境是治本之策。
1.加强管理，发挥政府行政职能作用。建设、计划、财政、审计等有关部门要严格项目立项审批，把好资信审验关，实行全过程监督与控制。
2.施工企业与建设单位进一步明确合同关系。凡是合同条款模糊不清的要逐一明确，尤其要明确偿还期限，还款计划条款，以便在清理中有明确的依据。同时要改变无偿垫资为资金的有偿使用，以制约建设单位的垫资数额。其中特别要注意清理集体、民营企业和房地产企业的建设项目，对无视国家法律规定和合同约定，恶意拖欠逃避债务的建设单位要按法律程序诉讼法律或提交仲裁。
3.实行垫资项目责任制。凡是资金不到位的，施工单位计划部门不得安排施工进度，项目负责人超计划安排进度的，财务部门不得拨付款项。
4.招标中原则上不得进行垫资。确有必要为建设单位垫付建设资金的，必须实行“以垫为贷”的措施，并且制定相应的责任条款。
5.应尽快制定与《建筑法》相配套的实施细则及其他相关法规，以维护施工企业的合法权益，施工企业内部也应建立“防欠”和“清欠”的有效办法及制度。
6.对实物抵账进行清理。在处置实物资产时要坚持原则，严格按照国家有关规定及会计准则规定进行账务处理，不能造成国有资产的流失。
7.对企业的主要领导、管理人员制定相应的考核奖惩制度，定期检查考核，有奖有罚，防止前清后乱。
