《批复》第四条规定，建设工程承包人行使优先权的期限为自建设工程竣工之日或者建设工程合同约定的竣工之日起计算的六个月。该六个月的性质属于法律上的除斥期间，是承包人优先权的法定存续期间，期间届满后，承包人的优先权将不复存在，承包人的工程价款请求权也成为一般债权。
按照《合同法》第二百八十六条的规定，承包人行使优先权的方式有两种：一是由承包人和发包人自行协商将建设工程折价抵偿承包人的工程价款；二是承包人申请法院依法，以所得的价款优先清偿承包人的工程价款。一般认为，承包人采取第二种方式行使优先权时，法院可准用民诉法的执行程序，但必须以发包人对承包人是否可以行使优先权及其主张的工程价款数额没有异议为前提。反之，如果发包人有异议，承包人则应当提起诉讼，待法院确认其优先权及其数额后再申请执行。
《批复》第三条规定：本批复第一条至第三条自公布之日起施行，第四条自公布之日起六个月后施行。许多人对这一规定不理解，认为这种解释目的不明显。其实，这一条规定应该与第四条规定联系起来看，如果自建设工程竣工之日或者建设工程合同约定的竣工之日起计算，建设工程承包人行使优先权的期限为六个月，那么在《批复》作出时许多承包人事实上已经丧失了优先权。所以，最高人民法院在作出司法解释时，将第四条规定的生效期限往后推迟了6个月，目的就是为了让那些事实上已经超过了6个月的承包人赶快通过诉讼或仲裁的方式来行使自己的优先权。这里需要注意的是，有些工程约定的竣工期限可能已经过去了许多年，一直到现在工程的结算问题还没有解决。在这种情况下，当事人应该考虑诉讼时效的问题。如果法院已经作出判决，面临执行问题，当事人可以考虑在执行阶段提出自己的优先权问题。应当注意的是，我国的《合同法》于1999年10月1日实施，根据最高人民法院1999年12月29日作出的司法解释，《合同法》实施以后成立的合同发生纠纷起诉到人民法院的，适用《合同法》的规定。《合同法》实施以前的合同发生纠纷起诉到人民法院的，适用当时的法律规定，当时没有法律规定的，可以适用《合同法》的有关规定。
承包人行使优先权，可以与发包人协议作价，也可以直接向法院申请。这一点和《担保法》第五十三条的规定是不一样的。该条规定，债务履行期届满抵押权人未受偿的，可以与抵押人协议以抵押物折价或者以、变卖该抵押物所得的价款受偿；协议不成的，抵押权人可以向人民法院提起诉讼。抵押物折价或者、变卖后，其价款超过债权数额的部分归抵押人所有，不足部分由债务人清偿。依照《担保法》提起的诉讼是对人诉讼，也就是可以把债务人告上法庭。而依据《合同法》第二百八十六条的规定，发包人逾期不支付工程款的，除按照建设工程性质不宜折价、的以外，承包人可以与发包人将该工程协议折价，也可以申请人民法院将该工程依法，并优先受偿。
这其实是一种“对物诉讼”，在操作的过程中，可能会出现提出异议的问题。在这种情况下，法院依法终结执行程序，并告知承包人可另行提起诉讼。由于在最高法院的《批复》中关于这一问题没有明确规定，所以今后各级法院是不是直接援引民事诉讼中的执行程序实现承包人的优先权还需进一步观察。学者认为承包人行使优先权的时候，应当注意以下程序：一是催告发包人。发包人在接到催告后，应当在合理的期限内支付价款。所谓“合理的期限”，债务人应当在不少于2个月的期限内履行债务。债权人与债务人在合同中未约定的，债权人留置债务人财产后，应当确定2个月以上的期限，通知债务人在该期限内履行债务。可见，合理期限最低应为2个月，超过2个月的偿还期限均为合理期限。二是协议将工程折价。三是依法。
