如今，地方政府对城际铁路的投资建设正趋于理性。据了解，今年除了东部沿海地区发达省份加强了城际铁路建设外，中西部的城际铁路建设几乎停滞。因面临融资难、债务重、盈利差等困境，四川、河南等省份意欲重新审视本省的城际铁路网规划，以使规划更具操作性，避免重复投资、过度投资。
由于高铁项目能拉动经济增长、出政绩、得民心，地方政府一直对包括城际铁路在内的铁路建设满怀热情。各省通过与原铁道部签订“部省合作协议”，以组建合资公司的方式，向合资铁路项目投入大量资金，以加快本辖区内的铁路建设。从2005年开始，各省、直辖市新成立的省级铁路投资公司达19个之多。
2013年，国务院发布《关于改革铁路投融资体制加快推进铁路建设的意见》，明确提出向地方政府和社会资本放开城际铁路、市域(郊)铁路、资源开发性铁路和支线铁路的所有权、经营权，鼓励社会资本投资建设铁路。但是，城际铁路主导权下放后，并未出现大规模的城际铁路建设潮。
“城际铁路主导权没下放的时候，是原铁道部主导城际铁路发展，地方政府主要是负责征地拆迁，即使出资也不控股，所以地方出钱少，地方政府领导每年都到原铁道部跑路网规划、跑项目，呼吁加快当地城际铁路建设。而当主导权下放地方后，他们也不怎么往北京跑了，项目也没啥动静。”中国工程院院士王梦恕表示。
“城际铁路本身都亏损，目前铁总基本上不投资城际铁路项目。以前原铁道部主导城际铁路建设的时候，地方政府是拿人家的钱办自己的事，所以很积极。现在投资主体变了，各地都要重新审视自己的路网规划，考虑有些线路要不要修，近期修还是远期修，进而确定融资规模，并根据融资规模选择融资方式。”国家发改委综合运输研究所运输经济与技术研究室主任李连成表示。
北京交通大学教授荣朝和认为，很多铁路项目的合理性需要重新审视，特别是普遍存在的标准过高、过度专用和建设过度超前问题。专家表示，在铁路的跨越式发展过程中，出现了重复建设、财务不可持续等资源配置不合理的问题，而近年来部分地方规划和建成的城际铁路与国家铁路干线出现重复。比如，在《环渤海京津冀地区、长江三角洲地区、珠江三角洲地区城际轨道交通网规划》中，京津城际铁路与京沪高铁北京至天津段平行、上海至南京段与沪宁城际平行;在《中原城市群城际轨道交通网规划(2009—2020)》中，郑州至洛阳的城际铁路与郑西高铁的部分路段平行。这些平行的线路往往会出现经济效益差，甚至财务不可持续的情况。
例如，郑西高铁每天开行18对列车，相对而言，沪宁城际最高峰的时候每日能开行117对列车，可见郑西高铁存在运力过剩的问题。统计数据显示，2012年前3个季度，郑西公司营业收入为7.32亿元，经营成本为26.02亿元，总亏损达18.7亿元。在这种情况下，如果再修建与之平行的郑州至洛阳的城际铁路，其后果一定是客座率进一步下降，亏损进一步加剧。
为了破解项目融资困境，一些地方进行过多种尝试，吸引社会资本进入，但是收效甚微。另外，湖北、江西等地也希望将城际铁路与全国干线接轨，以争取铁总和国家的支持。
8月29日，四川铁投集团组织召开铁路网研究规划专题座谈会，会议对照国家《中长期铁路网规划(2008年调整)》、国家“十二五”铁路网规划、成渝经济区城际铁路网规划等进行了深入讨论。与会专家提出，要进一步结合省里的多点多极支撑发展战略，加强建设的可操作性和科学性。
对于城际铁路的建设问题，上海铁路局副局长姜曦晖建议，城际铁路建设公益性强、投资巨大，也是跨地区、多部门、长期复杂的工程，必须充分发挥政府主管部门统筹协调的作用;进一步深化铁路投融资体制改革，调动全社会投资城际铁路的积极性;进一步落实财税和政府补贴政策，促进城际铁路的快速发展。另外，要进一步推进“以地养路”整体开发，把“骨头与肉搭配卖”，增强铁路企业自我发展的能力。
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