根据上述职责，保山市交通运输局内设12个正科级机构。
（一）办公室（计算机网络管理中心）
负责文秘、档案、信访、机要、接待和行业电子政务等机关日常运转工作；负责组织重要会议，编写年鉴、志书，起草审核重要报告及综合性文件；组织办理议案、提案；负责统筹综治维稳、信访维稳和行业精神文明及文化建设；组织开展重大事项和重点工作的督查督办、跟踪问效；负责交通行业的宣传和信息工作，建立综合信息数据库；负责机关后勤管理、实物资产管理、内部安全保卫、公共卫生监督和对外综合协调工作；负责计算机网络管理维护、信息网站建设维护、办公自动化建设管理和政务信息公开；完成领导交办的其他工作。
（二）基本建设管理科
贯彻执行国家、部、省有关公路建设的法律法规、标准规范和基本建设程序；组织制定本市交通基本建设的实施细则、制度办法；负责交通基本建设的宏观管理；负责公路建设市场的培育完善和规范公路建设项目招投标管理工作；负责工程建设项目设计审查和上报事宜；办理施工许可并监督协调项目实施，组织建设项目质量检查和竣工验收；负责保山市交通建设工程评标专家库的管理；完成领导交办的其他工作任务。
（三）综合规划科
组织制定本市公路、水路交通发展中长期规划，综合、平衡、编制上报和下达公路建设、公路养护、内河整治、公路工程科研项目以及交通扶贫等年度计划并监督执行；负责组织公路建设项目可行性研究的编制、审查和上报以及出具行业意见；负责技术改造项目的上报和下达；负责重大建设项目的前期储备工作和后评工作；负责本市公路、水路交通行业统计工作，组织行业统计调查、分析统计资料、管理统计资料数据，实施统计监督，提供统计资料，发布统计数据。
（四）运输管理科
承担城乡道路、水路运输市场监督管理工作；组织制定公路、水路运输有关制度、标准和运营规范的实施意见并监督实施；提出综合运输计划并组织实施；参与制定运价政策；承担运输线路、营运车辆、枢纽、运输场站等管理工作；承担车辆维修、营运车辆综合性能检测、机动车驾驶员培训机构和驾驶员培训管理工作；承担汽车租赁的指导工作；按规定承担物流市场有关管理工作。
（五）公共交通管理办公室
贯彻执行党和国家、部、省、市有关公共交通管理的方针政策，法律法规和标准规范；组织协调全市公共交通管理日常工作，统一管理中心城市公交、出租车行业，负责公共交通运输市场监督管理工作，指导全市公交、出租车行业管理；制定全市公共交通发展思路、规划、工作计划并组织实施；组织制定符合城乡发展需求的公共交通运输有关制度、标准、运营规范和实施意见并监督实施；对公共汽车、出租汽车等所属企业进行指导，管理公共交通运输路线、营运车辆车型、数量、运输站、场等，承担从事城市公共交通经营企业、从业驾驶员资质的管理工作。
（六）安全监督科
认真贯彻落实“安全第一、预防为主、综合治理”的安全生产方针，发挥“综合、协调、监督、指导”的职能作用；适时召集安全生产工作会议，及时传达贯彻上级有关安全生产的方针政策、文件、会议精神，并监督系统内各单位（部门）做好落实；组织制定安全生产年度工作计划、各项规章制度，制定安全生产应急预案并适时修订和演练；组织开展安全生产宣传教育活动和业务知识培训工作，推广安全生产先进经验；定期组织开展安全生产综合督查和专项督查，认真排查治理安全生产隐患和实施挂牌督办工作，督促安全生产隐患整改落实到位；配合有关单位（部门）做好安全生产专项整治工作，着力解决影响交通运输行业安全的突出问题；依法参与有关事故的调查处理，受理安全隐患的举报投诉，提出处理建议；负责交通运输企业安全生产标准化创建工作；负责安全生产资料和事故的统计上报工作；承担局安全生产领导小组办公室日常工作。
（七）资产财务科
指导全市交通运输行业财务会计工作，拟定交通运输行业财务管理及会计核算的实施细则和办法；汇总上报、审批部门预算、决算；负责专项资金预算、决算；负责公路、水路基础设施建设融资、信贷工作；协调有关财税政策；负责政府采购工作；承担局机关财务工作并指导局属单位财务管理工作；负责审核局属单位年度财务收支计划与报表；对全市交通运输行业各种专项资金进行跟踪问效。
（八）政策法规科
组织起草相关规范性文件；承担机关有关规范性文件的合法性审核工作；负责相关法律事务、行政复议和行政应诉工作；研究提出交通运输发展政策措施；草拟公路、水路行业及直属单位体制改革与结构调整方案；指导交通行业精神文明与行风建设，组织开展政策研究；指导公路、水路行业有关体制改革；指导行业节能减排工作。
（九）监察审计室
负责机关行政监察审计工作，领导直属单位行政监察审计业务工作；协助局机关党委抓好反腐败和党风廉政建设；依照国家法律、法规和政策，对直属单位财务收支及相关经济活动进行内部审计监督，独立开展内部审计监督工作；针对存在问题提出改进管理、完善内部控制制度的建议和从源头上预防和治理腐败的建议，纠正、处理违反财经法规行为的意见。
（十）地方海事局（保山市航务管理处）
贯彻执行水上交通安全管理的法律法规，行使安全监督及水路运输行业工作职责，及时传达上级指令，并组织实施；
负责港口、码头的规划建设和水路运输管理，负责对船舶、水运市场准入（筹建、开业）的审核把关和许可事项的审批；
负责开展船检工作。加强对船舶建造、修理过程中的质量监督，做好船舶检验、评估、技术鉴定和营运船舶的初次和营运检验工作，签发法定检验证书；负责辖区内船员基本安全技能、特殊技能和二、三类船员（含船长、轮机长）以下的适任资格培训、考试、发证管理，审核和监督船员证件的管理工作；负责辖区通航水域内水上水下施工作业的审批许可，并实施通航秩序的执法监督管理；负责水上安全行政执法，组织对水运秩序及安全进行检查，制定防范措施和预案并组织实施，及时反映安全信息和跟踪整改隐患，查处水运行业违法行为，开展水上交通安全重大事故的调查处理。
（十一）交通战备办公室
拟制、修改、补充国边防公路、水路交通战备规划和重点目标的保障方案，经批准后组织实施；收集、整理绘制、补充国边防交通战备资料更新上报；对有关部门、重点保障设施的质量、技术状况，战备车队组织落实和战备物资的保管、使用情况进行督促检查；负责部队过境保通和协调工作。承办市国防动员委员会交通战备办公室的日常工作。
（十二）组织人事科
承担局机关党委和直属单位的党务、群团干部人事、机构编制和劳动保护工作；指导交通运输行业人才队伍建设工作；承担有关智力引进和对外劳务合作工作。组织协调有关重大科技项目申报；负责机关离退休干部工作，指导直属单位离退休干部工作；负责局机关及直属单位党员、干部、职工的学习等工作，承办所属支部改选换届工作，审批支部领导成员，指导检查组织发展工作，审批新党员，办理转接党的组织关系、收缴党费、党员统计等日常工作。
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