环境容量既然作为一种功能性资源，排污指标应该有价值和使用价值。排污指标被企业无偿占有，其弊端有二:一是失去了用经济手段调整污染项目的市场准入功能，二是企业占用的现有排污指标无法流通，市场配置环境资源的功能难以发挥出来。

继1987年原国家环保局在上海、杭州等18个城市进行了排污许可证制度试点之后，1989年的第三次全国环保会议上，排污许可证制度作为环境管理的一项新制度提了出来。鉴于排污许可证制度是以污染物总量控制为基础的，国家从1996年开始，正式把污染物排放总量控制政策列入"九五"期间的环保考核目标，并将总量控制指标分解到各省市，各省市再层层分解，最终分到各排污单位。总量控制是"十五"期间我国环保工作的重点。上海市已经以地方法规的形式出台了"污染物排放许可证管理规定"，其管理的基本程序是:排污申报登记;排污审核、核发排污许可证;证后监督管理;年度复审。

污染物排放许可证制度的实施给环境监测和环境管理都提出了更高的要求。尽管除了个别情况下基于确保财政收入的需要而由国家通过法律设立特别许可外，规定不得随意将许可证制度与创收相联系，不得滥设许可证乱收费。但排污许可证制度却有其特殊性，即行政主体不仅是作为监督管理者，而且是作为公众环境权益的监护人，作为环境容量资源公共所有者的代理人。资源是有价的，环境容量资源也不能无偿获得，在管理、转让这种环境容量资源时，既要尽到管理者的职责，又要行使代理人的权利，向环境容量资源的使用者收取一定的费用，以支付相应的行政成本和保护、改善环境的费用。

实施方法

一，排污总量控制是排污许可证的基础、关键，抓好排污总量控制是根本。政府部门要严格把好污染物的排放总量，确定各地区的排污总定量。由于区域辖区与环境容量存在矛盾，所以在排放量分配时，要组织地区环境容量分配的研究和预算，进行充分的调查，合理的规划。当然在有制度可以的情况下，有效的监督更能促使总量控制制度的实施。

二，完善健全法律法规。做到有法可依。政府要切实是实行其职能。

三，加强环保宣传，提高企业环保意识。环境是全球性的，不能因为经济的发展而弃之不顾，这是长远利益与眼前利益的较量，也是公共利益与私人利益的较量。

四，完善好排污许可证的初始分配。拍卖、免费分配和定价出售有效地合理的分配好相应许可证，是比较公平的。我国采用免费分配为主，拍卖和定价出售为辅的模式。因为从我国实际情况来看，普遍存在着企业承受能力不足，政府管理水平相对较低，信息不对称、保护环境费用低的问题。

五，调动公众参与的热情，让公众参与到环保监督中来。完善监督制度。 完善排污许可证制度，才能为我国环境保护做贡献，为建设社会主义和谐社会提供保障。

实施污染物排放许可证制度后，容许排污权交易是国内环保制度的重大创新。排污单位经治理或产业(包括产品)调整，其实际排放物总量低于所核准的允许排放污染物总量部分，经环保部门批准，允许进行有偿转让。但是，由于在现行的管理安排中，采取的是由政府征收排污费的制度，是一种非市场化的配额办法，而不是使用市场交易的方式。所以从国内的情况来看，将排污权的交易具体化为一项可以操作的制度安排，并加以实际实施，需要在运行机制上进行探索。2001 年9月，亚洲开发银行资助的"二氧化硫排污交易制"在山西省太原市26 家企业试点，首开国内排污权交易之先河。