矩阵结构的缺点是：项目负责人的责任大于权力，因为参加项目的人员都来自不同部门，隶属关系仍在原单位，只是为"会战"而来，所以项目负责人对他们管理困难，没有足够的激励手段与惩治手段，这种人员上的双重管理是矩阵结构的先天缺陷；由于项目组成人员来自各个职能部门，当任务完成以后，仍要回原单位，因而容易产生临时观念，影响工作责任心，对工作有一定影响。

矩阵结构适用于一些重大攻关项目。企业可用来完成涉及面广的、临时性的、复杂的重大工程项目或管理改革任务。特别适用于以开发与实验为主的单位，例如科学研究，尤其是应用性研究单位等。

（1）将企业的横向与纵向关系相结合，有利于协作生产。

（2）针对特定的任务进行人员配置有利于发挥个体优势，集众家之长，提高项目完成的质量，提高劳动生产率。

（3）各部门人员的不定期的组合有利于信息交流，增加互相学习机会，提高专业管理水平。

单纯的矩阵结构在实践中被改良。很多公司修改了矩阵式组织来更有效的协调多项目，比如分化型矩阵组织（Differentiated Matrix） 。

公司分析项目间共享组件或子系统的关系，灵活的成立不同的小组，比如图1中，项目A和B用到的功能II本质上是一样的，C和D也是如此，所以在职能部门II中成立两个团队，一个为项目A和B工作，另一个为C和D；另一方面，在职能部门III，C和D没有共享组件，就分别为它们成立单独的小组。分化型矩阵组织为传统的职能和项目型组织提供了平衡。

矩阵制组织是为了改进直线职能制横向联系差，缺乏弹性的缺点而形成的一种组织形式。它的特点表现在围绕某项专门任务成立跨职能部门的专门机构上，例如组成一个专门的产品（项目）小组去从事新产品开发工作，在研究、设计、试验、制造各个不同阶段，由有关部门派人参加，力图做到条块结合，以协调有关部门的活动，保证任务的完成。

这种组织结构形式是固定的，人员却是变动的，需要谁，谁就来，任务完成后就可以离开。项目小组和负责人也是临时组织和委任的。任务完成后就解散，有关人员回原单位工作。因此，这种组织结构非常适用于横向协作和攻关项目。

矩阵组织结构一般是指公司与机构的人员组织形式，相对于传统的树形组织结构而言。矩阵式组织(matrixorganization)即“在一个机构之机能式组织型态下，为某种特别任务，另外成立专案小组负责，此专案小组与原组织配合，在型态上有行列交叉之式，即为矩阵式组织。”

在组织结构上，它是把职能划分的部门和按产品（项目）划分的小组结合起来组成一个矩阵，一名管理人员既同原职能部门保持组织与业务上的联系，又参加项目小组的工作。职能部门是固定的组织，项目小组是临时性组织，完成任务以后就自动解散，其成员回原部门工作。