莆田市秀屿区水务局机关行政编制4名，其中局长1名，副局长2名。

莆田市秀屿区水务局内设办公室。

莆田市秀屿区水务局主要职责：

（一）贯彻执行国家、省、市有关水利工作的法律、法规和方针政策，结合我区实际，拟定区水利工作中长期规划，组织起草有关水利管理的规范性文件，经批准后监督实施。

（三）根据国家、省、市节约用水政策，制定全区节约用水规范性文件，编制节约用水规划，组织、指导和监督全区节约用水工作。

（四）按照国家和省、市有关资源与环境保护的法律、法规和标准，拟定水资源保护规划；组织水功能区的划分和饮水区等水域排污的控制；监测河流、水库的水量、水质，审定水域枘污能力；提出限制排污总量的意见。

（五）组织、指导水政监察和水行政执法；协调并仲裁部门间和乡镇间的水事纠纷。

（六）负责对水利建设资金使用进行引导、监控；指导水利行业供水及多种经营工作；研究提出有关水利的价格、税收、信贷、财务等经济调节意见。

（七）编制、审查重要水利工程的项目建议书、可行性研究报告和初步设计文件，并按规定的基本建设程序办理审批手续；组织水利科研，负责新工艺、新设备、新技术的推广与应用；监督实施水利行业有关的技术质量标准、规程、规范；指导和管理管委会水利工程建设市场，规范建筑市场，指导、监督和管理水利工程招投标、工程监理以及工程质量和安全。

（八）组织、指导全区水利设施、水域及其岸线的管理与保护；组织指导主要河道、河口的治理和开发，负责海岸线滩涂的围垦工作和海堤建设和管理工作；办理跨区河流协调事务；组织建设、指导和管理具有控制性的或跨乡镇的重要水利工程；组织、指导水库、大坝的安全监督。

（九）指导农村水利工作；组织协调农村水利基本建设。

（十）组织全区水土保持工作。研究制定水土保持的工程措施规划，组织水土流失的监测和综合防治。

（十一）指导全区水利行业队伍的建设管理工作。

（十二）承担区人民政府防汛抗旱指挥部的日常工作，组织、协调、监督、指导全区防洪工作，对主要河流和重要水利工程实施防汛抗旱调度。

（十三）承办区政府交办的其他事项。

根据《中共莆田市委、莆田市人民政府关于印发莆田市秀屿区机构设置方案的通知》（莆委[2002]74号），设置莆田市秀屿区水务局。莆田市秀屿区水务局是区政府的工作部门，机构规格为正科级。

1.莆田市秀屿区水土保持监督站

2.莆田市秀屿区水政监察大队

3.莆田市秀屿区三峡库区移民安置工作站

4.莆田市秀屿区洪水预警报

5.莆田市秀屿区水利工程质量监督站

6.莆田市秀屿区水利工程管理站

7.莆田市秀屿区水利工程管理所

8.莆田市秀屿区水政水资源管理站

莆田市秀屿区交通局内设办公室。

莆田市秀屿区交通局机关行政编制6名。其中局长1名，副局长3名。