农业设施的建设与用地由经营者提出申请，乡镇政府申报，县级政府审核同意。申报与审核用地按以下程序和要求办理：
设施农业用地经营者申请
设施农业经营者应拟定设施建设方案，方案内容包括项目名称、建设地点、用地面积，拟建设施类型、数量、标准和用地规模等；并与有关农村集体经济组织协商土地使用年限、土地用途、补充耕地、土地复垦、交还和违约责任等有关土地使用条件。协商一致后，双方签订用地协议。经营者持设施建设方案、用地协议向乡镇政府提出用地申请。
设施农业用地乡镇申报
。乡镇政府依据设施农用地管理的有关规定，对经营者提交的设施建设方案、用地协议等进行审查。符合要求的，乡镇政府应及时将有关材料呈报县级政府审核；不符合要求的，乡镇政府及时通知经营者，并说明理由。
涉及土地承包经营权流转的，经营者应依法先行与农村集体经济组织和承包农户签订土地承包经营权流转合同。
设施农业用地县级审核
县级政府组织农业部门和国土资源部门进行审核。农业部门重点就设施建设的必要性与可行性，承包土地用途调整的必要性与合理性，以及经营者农业经营能力和流转合同进行审核，国土资源部门依据农业部门审核意见，重点审核设施用地的合理性、合规性以及用地协议，涉及补充耕地的，要审核经营者落实补充耕地情况，做到先补后占。符合规定要求的，由县级政府批复同意。
设施农用地审核同意后，乡镇政府具体监督设施建设和用地协议的实施，县级国土资源部门做好土地变更调查、登记和台帐管理等相关工作，县级农业部门做好土地承包合同变更和流转合同备案、登记等工作。
国有农场的农业设施建设与用地，由农场提出申请，报农场主管部门初审后，送县或县级以上人民政府审核同意。具体实施办法由各省（区、市）自行规定。
四、加强设施农用地监督管理
（一）切实加强设施农用地的用途管制。经营者要坚持农地农用的原则，按照协议约定使用土地。设施用地不得改变土地用途，禁止擅自或变相将设施农用地用于其他非农建设；不得超过用地标准，禁止擅自扩大设施用地规模或通过分次申报用地变相扩大设施用地规模；不得改变直接从事或服务于农业生产的设施性质，禁止擅自将设施用于其他经营。国土资源部门切实加强用地监管，农业部门切实加强经营者农业经营能力、经营行为和土地流转合同履行情况的监管。
（二）建立设施农用地监管的共同责任机制。市、县国土资源部门、农业部门和乡镇政府都应将设施农用地纳入日常管理，建立制度，分工合作，形成联动工作机制。市、县国土资源部门会同农业部门加强设施农用地审核同意后的跟踪监管，督促指导设施农用地的土地利用，及时做好土地变更调查登记和台帐管理工作；乡镇政府负责监督经营者按照协议约定具体实施农业设施建设，落实土地复垦责任。
省级国土资源部门和农业部门应掌握本区域内设施农用地状况，不定期组织开展专项检查，及时总结情况、研究问题，改进管理工作。
（三）设施农用地使用纳入土地巡查和卫片执法检查范围。县级国土资源部门和乡（镇）国土所在土地巡查中要对设施农用地开展巡查，对不符合规定要求使用土地的，做到早发现、早制止、早报告、早查处；市县开展卫片执法检查自查中，对设施农用地的利用进行合规性核实，不符合规定的，计入违法用地予以纠正和查处。各派驻地方的国家土地督察局在有关督察工作中加强对设施农用地的监督检查，对发现的违法用地督促地方政府及时纠正整改。
（四）严肃查处设施农用地中违法违规用地行为。市县国土资源部门在设施农用地跟踪监管、土地巡查和卫片执法检查中，发现违法违规用地行为的，应严肃查处。对于未经审核同意的设施农用地，要依法依规进行处理。不符合设施农业用地规定的，要恢复土地原状；符合规定的，处理到位后确需用地的，按规定完善用地手续。
对于已经审核同意的设施农用地，擅自改变或变相将设施农用地用于其他非农建设的，擅自扩大设施用地规模的，或擅自改变直接从事或服务于农业生产的设施性质、将设施用于其他经营的，应予及时制止、责令限期纠正和整改；对于逾期未予纠正和整改的，要依法做出行政处罚，恢复土地原状。
各省（区、市）国土资源部门和农业部门要高度重视设施农用地管理工作，按照本通知的规定要求，进一步制定实施办法，切实加强和规范设施农用地管理。此前有关规定与本《通知》不一致的，以本《通知》规定为准。对于历史遗留的、尚未办理用地手续的设施农用地，各地应按照本《通知》规定要求予以妥善处理。
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