新丰车站站房改建工程:预计2009年底完工。 湖口车站站房改建工程:预计2010年底完工。 树林调度场车站兴建工程:预计2011年6月完工。 竹南车站西部站房改建、东部站房新建及跨站式站房:预计2009年底完工。 苗栗车站站房改建工程:于2007年11月26日动工。 山佳车站站房改建工程:因旧站房已不敷使用，正进行跨站式站房改建工程。 杨梅车站站房改建工程:因旧站房已不敷使用，正进行跨站式站房改建工程。

屏东-潮州间高架化并电气化。 改善屏东、归来、麟洛、西势、竹田、潮州等车站。 新建潮州调车场。 部份工程已于2007年12月18日动土，预计2011年6月完工。

新建六家线(竹中-六家)间高架化并电气化。 新竹-竹中间高架化并电气化。 新建千甲、关东、六家等车站。 竹中-内湾间路线改善。

新建沙仑线(中洲-沙仑)间高架化。

改建中洲车站，新设长荣大学车站、沙仑车站等车站。

改建林边溪桥 林边车站高架化

由铁路改建工程局办理 员林车站高架化。

新左营-凤山间地下化。 台铁高雄车站地下化。 新设内惟、美术馆、鼓山、三块厝、民族、大顺等车站。 迁移前镇调车场并设立左营基地。 工程已于2009年6月26日动土，预计2017年完工。

大量采购EMU700型等新型通勤电联车，交车后将全数编为区间车、区间快车使用，以提升短程运输能力。目前所有车辆已投入营运。此外，后续将购置EMU800型电联车，使班次更为密集。

悠游卡(EasyCard)是通用于大台北地区的非接触式交通电子票证系统，由台北智慧卡票证公司发行，类似香港的八达通、JR东日本的Suica卡(昵称为西瓜卡)、JR西日本的ICOCA卡等，可用于搭乘捷运与市区公车、短程客运\路线(台北捷运，与台湾铁路基隆到中坜站可使用)，以及在公有停车场使用，目前已试办和国小学生证合并，可供上下学打卡记录及合作社消费结帐，未来计划于计程车上使用，并有与银行业者共同发行联名信用卡的计划，另外也计划与同一经营团队发行的基隆市公车卡整合(基市公车处尚未开放)，扩大使用范围。台湾智慧卡公司发行的台中e卡通于国道客运上有读卡机(注:经查明，该客运\公司国道及市区线共享车辆，国道线未知是否能使用智能卡)，应该也是悠游卡未来的展望之一。 是一种整合台北捷运系统、台北市/县联营公车、北市公有路外停车场、路边停车计时收费器，以及部分小型民营停车场等缴费系统的IC电子票卡。

悠游卡并可与学生证结合，票卡除基本搭车功能外，还可应用至校园出勤、门禁及借书系统，甚至自动贩卖机或福利社的小额消费。

IC代币单程票大小如50元硬币，颜色为深蓝色，正面为捷运公司LOGO，背面为中英文单程票字样。

台北捷运将以新的"IC代币"，分阶段逐步取代现有的磁卡单程票。据台湾东森新闻报道，捷运公司指出，大小如50元硬币的IC代币单程票，进、出站都必须使用新式验票闸门;若为磁卡单程票，进、出站都必须使用旧式验票闸门，而随着旧式闸门逐渐淘汰，IC代币也将在未来逐步取代磁卡单程票。 台北市捷运局自动收费工程所主任李源祥说:"现在使用的磁卡单程票，耐用次数大概只有2000次，而更换成IC代币后使用次数可以高达3万次。"另外以验票闸门通过速度来说，IC代币每分钟可通过45人，也比磁卡每分钟25人来得快。

台北捷运公司指出，初期将采磁卡与IC代币单程票并行的营运方式，并规划以3阶段渐进方式。第1阶段先开放4个车站IC代币售票机，购买进站后可在选定票价的车站出站，并自动回收该IC代币。

第2阶段约在五月中旬时，再扩大至多个车站，届时共计有12个车站可购买IC代币单程票。第3阶段再开放全路网69个车站，并评估在适当时机，全面停用磁卡单程票系统 。

大庆车站新建工程:1998年7月7日完工启用。 大桥车站新建工程:2002年10月4日完工启用。 太原车站新建工程:2002年11月22日完工启用。 三坑车站新建工程:2003年5月9日完工启用。 嘉北车站新建工程:2005年9月8日完工启用。 大村车站新建工程:2006年4月4日完工启用。 五堵-汐科间高架化:包含五堵车站、汐止车站高架化工程，于2006年4月9日完工启用。 中坜车站股道改线工程:2006年6月底完工启用。 新左营车站新建工程:2006年12月1日完工启用。 新乌日车站新建工程:月台与衔接设施在2006年12月1日完工启用(后续工程仍在进行中)。 七堵车站站房改建工程:2007年1月完工启用(后续工程仍在进行中)。 百福车站新建工程:2007年5月8日完工启用。 竹南车站北半段站房改建工程:2007年11月完工启用。 汐科车站新建工程:2007年12月30日完工启用。 大林车站站房改建工程:2008年12月5日完工启用。 斗六车站站房改建工程:2008年12月16日完工启用。 竹南车站南半段站房改建工程:2009年1月完工启用。 浮洲车站兴建工程:2011年9月完工启用。沙仑线於 2012年01月01日启用。六家线 於 2011年11月11日 启用。 南科车站於2010年07月14日完工启用。 新乌日车站 於 2012年6月22日 正式全面启用。

樟树湾、环南路、三姓桥(南新竹)等车站设计中。 七堵-樟树湾间三轨化、莺歌-桃园间三轨化。 基隆车站进行整体改建，并与基隆市政府推动的"基隆火车站暨西二西三码头都市更新案"同步进行。 香山、彰化、沙鹿、民雄等车站计划改建中。

由铁路改建工程局办理 丰原-大庆间高架化。 新设丰南、头家厝、松竹、精武、五权等车站。

由铁路改建工程局办理 嘉北-北回归线间高架化。 迁移嘉义调车场并新设北回归线车站等车站。

由铁路改建工程局办理 大桥-台南航空站间地下化。 新设南台南车站、台南航空车站等车站。

由铁路改建工程局办理 计划兴建北宜直线铁路。 改善北回线安全设施。 台东线电气化。

由台湾铁路管理局台北工务段办理 高架化桃园车站、内坜车站、中坜车站等既有车站。 新设凤鸣车站、国际路车站、永丰路车站、中原大学车站等车站。