新丰车站站房改建工程:预计2009年底完工。 湖口车站站房改建工程:预计2010年底完工。 树林调度场车站兴建工程:预计2011年6月完工。 竹南车站西部站房改建、东部站房新建及跨站式站房:预计2009年底完工。 苗栗车站站房改建工程:于2007年11月26日动工。 山佳车站站房改建工程:因旧站房已不敷使用，正进行跨站式站房改建工程。 杨梅车站站房改建工程:因旧站房已不敷使用，正进行跨站式站房改建工程。

屏东-潮州间高架化并电气化。 改善屏东、归来、麟洛、西势、竹田、潮州等车站。 新建潮州调车场。 部份工程已于2007年12月18日动土，预计2011年6月完工。

新建六家线(竹中-六家)间高架化并电气化。 新竹-竹中间高架化并电气化。 新建千甲、关东、六家等车站。 竹中-内湾间路线改善。

新建沙仑线(中洲-沙仑)间高架化。

改建中洲车站，新设长荣大学车站、沙仑车站等车站。

改建林边溪桥 林边车站高架化

由铁路改建工程局办理 员林车站高架化。

新左营-凤山间地下化。 台铁高雄车站地下化。 新设内惟、美术馆、鼓山、三块厝、民族、大顺等车站。 迁移前镇调车场并设立左营基地。 工程已于2009年6月26日动土，预计2017年完工。