宋代以来，由于人们对玉蕊原植物疏于详考，故指鹿为马者有之，以讹传讹者有之，以至越来越离谱，越来离玉蕊原植物越远。现将几种主要说法简介如下。
玉蕊即琼花
琼花(Viburnum macrocephalum f.keteleeri)是宋代最著名的花木。据当时的说法，仅扬州后土庙有一株，号"天下无双"，故奇贵无比。因其花洁白，有些宋人便以为唐之玉蕊即琼花。北宋文学家宋祁在《摘碎》中谓:"维扬后土庙有花，色正白，曰玉蕊。王禹偁爱赏之，更称曰琼花。"刘敞的《移琼花诗并序》道:"自淮南适东平，移后土庙，琼花植于濯缨亭。此花天下止一株耳。永叔为扬州作无双亭以赏之。彼土人别号八仙花，或云李卫公玉蕊花即此种。"其诗云:"淮海无双玉蕊花，异时来自八仙家。鲁人未睹天中树，乞与东风赏物华。"宋敏求的《春明退耕录》也说:"扬州后土庙有琼花一株，即李卫公所谓玉蕊也。"此外，苏轼咏瑞香的《西江月》词中也有"后土庙中玉蕊，蓬莱殿里鞓红"之句。可见，"玉蕊即琼花"说，在北宋曾盛行一时。
然而，琼花的花序直径达10cm以上，其大型不孕边花白色，每朵边花仅有雄蕊5枚，且很少出露，决无"雪蕊琼丝"之态，又因花大，花落时不可能"飘廊点地色轻轻"或在"空中回旋久之"。而且陕西不产。显然，琼花决非玉蕊。对此，不少宋人曾提出质疑或反驳。周必大的《玉蕊辨证》云:"宋子京、刘原父、宋次道博洽无比，不知何故，疑为琼花"。葛立方的《韵语阳秋》也谓:"琼花唯扬州后土庙有之……玉蕊岂一处有哉!其非琼花明也"。
玉蕊即山矾
山矾(Symplocos caudata)是北宋黄庭坚命名的一种野生花木。他在《题高节亭边山矾花并序》中谓:"江南野中有一种小白花，本高数尺，春开极香，野人谓之郑花。王荆公尝欲作诗而陋其名，予请名曰山矾。野人采郑花叶以染黄，不借矾而成色，故名山矾。"但其序及诗中均未涉及玉蕊。北宋末南宋初的曾慥，在《高斋诗话》中称:"今?花即玉蕊花也。介甫以比?，谓当用此?字。盖?玉名，取其白耳。鲁直又更其名为山矾，谓可以染也。"洪迈的《容斋随笔》也说:"物以稀为珍，不必异种也。长安唐昌观玉蕊，乃今?花，又名米囊，黄鲁直易山矾者"。薛季宣在一首咏山矾的五言律诗前写道:"?花，唐玉蕊花。介甫谓之?花，鲁直谓之山矾。武昌山中多有之，其叶可供染事，土人用之酿酒。"诗中有"仙人来玉蕊，文士立山矾"之句。
对此，宋人也有不同看法。如葛立方的《韵语阳秋》说:"以余观之，恐未必然。玉蕊，佳名也。此花自唐流传至今，当以玉蕊得名，不应舍玉蕊而呼?，鲁直亦不应舍玉蕊而呼山矾也。岂端伯别有所据耶?"张淏的《云谷杂记》、周必大的《玉蕊辨证》、宋景沂的《全芳备祖》等，均不同意此说法，认为玉蕊与山矾各是一物。郑域的一首七言古诗云:"维扬后土庙琼花，安业唐昌宫玉蕊，判然二物本不同，唤作一般良未是……后人不识天上花，又把山矾轻拟比"。此诗显然受《玉蕊辨证》影响，对"玉蕊即琼花"、"玉蕊即山矾"等说法，均作了否定。
玉蕊即栀子
到了明代，大概扬州的琼花也不见了。所以，人们对玉蕊、琼花的原植物，均产生了疑问。明代文学家郎瑛在《琼花辨》中写道:"《雍录》辨栀子花即玉蕊花改之为山矾者……果使一种，则栀子江南到处有之，胡以为贵?""及考《扬志》，谓琼花或为唐植，今《雍录》亦以玉蕊唯长安一株，元、白等赋诗贵重，又花心黄，三四月间开，开时芬芳满野，高可数丈，意即今栀子千叶者耶?""惜江南未能收护，使高大也。况生于陕，移于扬、汴，在彼亦自为奇矣"。
考栀子(Gardenia jasminoides)是自汉代就广为栽培的著名染料及花木，古人题咏颇多，不可能与玉蕊或琼花相混淆。另外，北宋程大昌的《雍录》并未辨出"栀子花即玉蕊花"，只是误认为玉蕊在长安仅有一株。而"栀子千叶者"，即栀子的重瓣变种，一为大花栀子(var.grandiflora)，一为水栀子(var.radicana)，均系不超过2m的灌木，陕西非原产地，更不可能"使其高大"。郎瑛虽为博学之士，但其考辨之文，却表明其对植物学的无知。
玉蕊即金刀木
日本松村任三的《植物名汇》 ，引日本文献《质问本草》中的"玉蕊"，作为Barringtonia racemosa 的名称，并以其作科、属名。我国植物学专著，不顾"玉蕊"为我国固有的传统名花这一事实，一直遵从松村氏之说，沿用至今，殊为不妥。按该植物系热带地区的常绿乔木，花大，白色或粉红色。其形态、习性及分布等，均与我国古籍中记载的玉蕊毫不相干。所以《云南植物志》，已不再将玉蕊作该植物的种名，而改用"金刀木"之名，科、属名也随之予以订正。
玉蕊即西番莲
孔庆莱等的《植物学大辞典》谓:"玉蕊花Passiflora caerulea L.即西番莲也。名见《秘传花镜》"。因此，我国学者在研究、诠释《花镜》乃至《群芳谱》等古籍中的玉蕊花或玉蕊时，便认为是西番莲或西番莲属的鸡蛋果(P.edulis)。中国旅游出版社出版的《花鸟诗歌鉴赏辞典》，选录了几首吟"玉蕊树"的诗，并在赏析中介绍了唐代的神话传说，但在其注释中却仍然写道:"玉蕊花，别称西番莲……属西番莲科蔓生植物"等，还说此花"传入我国已有一千三百多年"。
实际上，陈淏子《花镜》中的"玉蕊花"，即唐代诗文中的"玉蕊"、"玉蕊树" ，而且其文字也多抄自《玉蕊辨证》(王象晋《群芳谱》中的"玉蕊"，亦多抄自《玉蕊辨证》 )。只是陈氏仅据"条蔓若荼?"，便将其归人"藤蔓类"中，已是错误;而孔氏又将其视为草质藤本西番莲，则更加谬误;《花鸟诗歌鉴赏词典》又据此断定西番莲"传入我国已有1300多年"，更错上加错。考之西番莲最初在《群芳谱》中仅为"莲藕"的附录之一;《花镜》称"西番菊"，但文字多抄自《群芳谱》。清代李调元的《南越笔记》谓:西番莲"瓣为莲而蕊为菊，以莲始而以菊终，故又名西番菊。"可见，西番莲在我国栽培的历史不超过400年，且至今也仅南方热带地区有引种。将此不能直立的草质藤本植物视为唐代花木玉蕊，实属荒唐。
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玉蕊科属下物种