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用于高通量测序的核酸类样本质量控制通用要求

《用于高通量测序的核酸类样本质量控制通用要求》是2022年5月1日实施的一项中国国家标准。

用于高通量测序的核酸类样本质量控制通用要求基本信息

用于高通量测序的核酸类样本质量控制通用要求起草工作

主要起草单位:深圳华大生命科学研究院、中国计量科学研究院、深圳华大智造科技股份有限公司、青岛华大基因研究院、深圳华大基因股份有限公司、上海生物芯片有限公司、广州中医药大学第二附属医院(广东省中医院)、湖北国际旅行卫生保健中心(武汉海关口岸门诊部)。

主要起草人:祝珍珍、王晶、苏小珊、耿春雨、李倩一、陈芳、刘心、谢泽宇、陈利、牛春艳、黄翔、张小燕、许靖曼、陈曲波、龚睿、王鹏、周艳、孙静、曾璇。 2100433B

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用于高通量测序的核酸类样本质量控制通用要求造价信息

  • 市场价
  • 信息价
  • 询价

空气质量控制

  • RXXF KQ/PF
  • 荣夏
  • 13%
  • 江苏荣夏安全科技有限公司
  • 2022-12-07
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控制开关

  • 自动空气开关2p
  • 13%
  • 东莞市中林电气设备有限公司
  • 2022-12-07
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控制

  • 系列:蜂巢天棚帘;类别:控制部分;规格:手动;说明:全房配一根,主材铝合金;
  • 普菲克
  • 13%
  • 武汉普菲克建材有限公司
  • 2022-12-07
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控制

  • 系列:蜂巢天棚帘;类别:控制部分;规格:电动;说明:每套天棚需一套电机,包含;
  • 普菲克
  • 13%
  • 武汉普菲克建材有限公司
  • 2022-12-07
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智能控制

  • 品种:断路器附件;系列:BW1框架断路器附件;规格:2H/3200A/4000A;产品说明:智能控制器2H/BW1-3200A/4000A;
  • 北元电器
  • 13%
  • 上海表计电力设备有限公司
  • 2022-12-07
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单笼施工电梯/提升质量1t

  • 提升高度75m
  • 台班
  • 汕头市2011年4季度信息价
  • 建筑工程
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单笼施工电梯/提升质量1t

  • 提升高度100m
  • 台班
  • 汕头市2011年4季度信息价
  • 建筑工程
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单笼施工电梯/提升质量1t

  • 提升高度75m
  • 台班
  • 汕头市2011年2季度信息价
  • 建筑工程
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单笼施工电梯/提升质量1t

  • 提升高度130m
  • 台班
  • 汕头市2011年1季度信息价
  • 建筑工程
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单笼施工电梯/提升质量1t

  • 提升高度100(m)
  • 台班
  • 韶关市2010年8月信息价
  • 建筑工程
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生物样本

  • 1、支持对有关样本等进行记录.2、支持样本入库,出库去向追踪.
  • 1人日
  • 1
  • 中高档
  • 含税费 | 含运费
  • 2022-08-23
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样本制备间台

  • 样本制备间台
  • 1m
  • 1
  • 中高档
  • 含税费 | 含运费
  • 2021-11-05
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高通量氙光传递窗

  • 见附件
  • 3套
  • 3
  • 中档
  • 含税费 | 含运费
  • 2019-12-27
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空气质量控制

  • ZB420SD-5310RX1211无极性二总线与空气质量监控器连接,实时接收一氧化碳传感器报警信息,控制排烟风机启停调节空气质量.尺寸:155×100×60mm.
  • 8台
  • 3
  • 中高档
  • 含税费 | 含运费
  • 2022-09-01
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空气质量控制

  • YK-PF(适用于通排风机)
  • 5台
  • 1
  • 国产
  • 中高档
  • 不含税费 | 含运费
  • 2020-07-01
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用于高通量测序的核酸类样本质量控制通用要求编制进程

2021年10月11日,《用于高通量测序的核酸类样本质量控制通用要求》发布。

2022年5月1日,《用于高通量测序的核酸类样本质量控制通用要求》实施。

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用于高通量测序的核酸类样本质量控制通用要求常见问题

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用于高通量测序的核酸类样本质量控制通用要求文献

高通量测序分析红棕紫泥土土壤细菌多样性 高通量测序分析红棕紫泥土土壤细菌多样性

高通量测序分析红棕紫泥土土壤细菌多样性

格式:pdf

大小:106KB

页数: 4页

【目的】通过研究四川盆地丘陵区红棕紫泥土壤细菌群落结构,从而了解区域土壤健康状况、发挥土壤潜在肥力和提升区域农林产品质量。【方法】本文以四川资阳土壤保护站坡耕地的红棕紫泥土为研究对象,利用16S扩增子高通量测序技术获取其土壤细菌群落结构特征。【结果】检测到的土壤细菌种类占所有分类物种的11.39%,Chao指数和Simpson多样性指数分别为2738.54种和0.99。所有样品中都检测到序列分属于25个细菌的大类,且以变形菌门细菌为第一优势菌群,其下β-变形菌纲、γ-变形菌纲、α-变形菌纲和δ-变形菌纲细菌的相对丰度分别为17.29%、13.16%、11.92%和6.86%。其次,酸杆菌门和拟杆菌门细菌为第二优势菌群,其相对丰度分别为11.55%和10.87%。【结论】红棕紫泥土土壤细菌种类复杂、多样,且优势类群明显。

白花虎眼万年青高通量测序及转录组分析 白花虎眼万年青高通量测序及转录组分析

白花虎眼万年青高通量测序及转录组分析

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大小:106KB

页数: 2页

白花虎眼万年青(Ornithogalum thyroides)是百合科虎眼万年青属的多年生球根花卉,具有较高的观赏价值和药用价值,而且可通过叶片产生珠芽和叶基部形成鳞茎的方式实现高效再生,但是其代谢途径和器官发育机制尚不清楚。本研究以其主要的三个营养器官(叶片、产生于叶片表面的珠芽和产生于叶片基部的鳞茎)为材料,构建转录组文库并进行Illumina Hi Seq 2000测序及生物信息学分析。共获得白花虎眼万年青转录组的原始数据13.5G,经过数据过滤后得到有效数据11.3Gb,经过序列拼接共获得262,332条unigene。KEGG pathways分析表明,其具有新陈代谢通路1,698条,次生代谢物质合成通路730条,共有14,459条Unigene注释到次生代谢合成途径;不但包括单萜、倍半萜和三萜皂苷等已知的药用活性成分通路,而且含有吲哚类生物碱、异喹啉生物碱、葡萄糖异硫氰酸盐、黄酮和黄酮醇、甜菜素、咖啡因、植物类昆虫激素、亚油酸、牛磺酸和亚磺酸等重要的生理生化通路。多数次生代谢产物及其关键酶的表达主要发生于鳞茎和珠芽中,叶片中最少。研究还发现,叶片表面产生珠芽过程中有2,397条Unigene上调,1,593条Unigene下调;叶片基部形成鳞茎过程中有4,087条Unigene上调,2,969条Unigene下调。研究表明,叶片产生珠芽过程中,EMB基因、TATA结合蛋白、BTB/POZ锚蛋白重复序列、TOR调控蛋白、FKBP蛋白等基因的表达发生了明显地变化;叶片形成珠芽的过程中,染色体重组复合体、圆叶蛋白、PPR蛋白、EMB基因、细胞色素P450等基因表达发生了显著地变化;上述基因可能参与了珠芽和鳞茎等器官的发生。本研究首次获得了白花虎眼万年青的转录组数据,研究了其次生代谢途径及表达规律,并分析了从叶片到珠芽和鳞茎形成过程中差异表达基因。研究结果为白花虎眼万年青功能基因及相关候选基因的发掘提供了基础数据和重要依据,有望用于虎眼万年青属及百合科植物的遗传改良,增加次级代谢物质的含量,提高医药化工和营养保健的价值,改善园艺性状等。

高通量测序技术综述

一、测序技术发展现状

  根据发展历史、影响力、测序原理和技术不同等,主要有以下几种:大规模平行签名测序(Massively Parallel Signature Sequencing, MPSS)、聚合酶克隆(Polony Sequencing)、454焦磷酸测序(454 pyrosequencing)、Illumina(Solexa) sequencing、ABI SOLiD sequencing、离子半导体测序(Ion semiconductor sequencing)、DNA纳米球测序(DNA nanoball sequencing)等。

高通量测序技术的应用

  随着第二代测序技术的迅猛发展,科学界也开始越来越多地应用第二代测序技术来解决生物学问题。比如在基因组水平上对还没有参考序列的物种进行重头测序(de novo sequencing),获得该物种的参考序列,为后续研究和分子育种奠定基础;对有参考序列的物种,进行全基因组重测序(resequencing),在全基因组水平上扫描并检测突变位点,发现个体差异的分子基础。在转录组水平上进行全转录组测序(whole tranome resequencing),从而开展可变剪接、编码序列单核苷酸多态性(cSNP)等研究;或者进行小分子RNA测序(small RNA sequencing),通过分离特定大小的RNA分子进行测序,从而发现新的microRNA分子。在转录组水平上,与染色质免疫共沉淀(ChIP)和甲基化DNA免疫共沉淀(MeDIP)技术相结合,从而检测出与特定转录因子结合的DNA区域和基因组上的甲基化位点。

  需要特别指出的是第二代测序结合微阵列技术而衍生出来的应用--目标序列捕获测序技术(Targeted Resequencing)。这项技术首先利用微阵列技术合成大量寡核苷酸探针,这些寡核苷酸探针能够与基因组上的特定区域互补结合,从而富集到特定区段,然后用第二代测序技术对这些区段进行测序。目前提供序列捕获的厂家有Agilent和Nimblegen,应用最多的是人全外显子组捕获测序。科学家们目前认为外显子组测序比全基因组重测序更有优势,不仅仅是费用较低,更是因为外显子组测序的数据分析计算量较小,与生物学表型结合更为直接。

  目前,高通量测序开始广泛应用于寻找疾病的候选基因上。内梅亨大学的研究人员使用这种方法鉴定出Schinzel-Giedion 综合征中的致病突变,Schinzel-Giedion综合征是一种导致严重的智力缺陷、肿瘤高发以及多种先天性畸形的罕见病。他们使用AgilentSureSelect序列捕获和SOLiD对四位患者的外显子组进行测序,平均覆盖度为43倍,读长为50 nt,每个个体产生了2.7-3 GB可作图的序列数据。他们聚焦于全部四位患者都携带变异体的12个基因,最终将候选基因缩小至1个。而贝勒医学院基因组测序中心也计划对15种以上疾病进行研究,包括脑癌、肝癌、胰腺癌、结肠癌、卵巢癌、膀胱癌、心脏病、糖尿病、自闭症以及其他遗传疾病,以更好地理解致病突变以及突变对疾病的影响。前不久刚刚结束的Science杂志年度十大科学突破评选中,外显子组测序名列其中。

 测序技术总结与展望

  第一代测序技术凭借其长的序列片段和高的准确率,适合对新物种进行基因组长距框架的搭建以及后期GAP填补,但是成本昂贵,而且难以胜任微量DNA样品的测序工作。第二代测序技术中,454序列片段最长,比较适合对未知基因组从头测序,搭建主体结构,但是在判断连续单碱基重复区时准确度不高。Solexa较454具有通量高、片段短、价位低的特点,可以用于大基因组和小基因组的测序和重测序。Solexa双末端测序(paired-end sequencing)可以为基因组进一步拼接提供定位信息,但是随着反应轮数增加,序列长度和质量均有所下降,而且在阅读AT区时有明显错误倾向。SOLiD基于双碱基编码系统的纠错能力以及较高的测序通量,适合转录本研究以及比较基因组学特别是SNP检测等,但是测序的片段短限制了该技术在基因组拼接中的广泛应用。第三代测序技术目前正在研发阶段,尚未正式投入使用。

高通量测序:https://www.genewiz.com.cn/Public/Services/Next-Generation-Sequencing

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高通量测序技术研究套路及高分实例分析

高通量测序经过近十年来的迅猛发展,已经深入到生命科学的各个领域,不仅有力地推动了基础研究的发展,也在逐渐征服临床应用。所谓的高通量测序技术,又名大规模平行测序,是将DNA(或者cDNA)随机片段化、加接头,制备测序文库,通过对文库中数以万计的克隆(Colony)进行延伸反应,检测对应的信号,最终获取序列信息。

与Sanger法为代表的传统测序法相比,高通量测序技术在处理大规模样品时具有显著的优势,又快(两天)又多(数百万克隆),成为目前组学研究的主要技术。新一代高通量测序技术的发展,每天会产生TB甚至更多的数据。如何整合分析这些数据成为一个更大的难点,是当前生物研究的关键步骤, 具有巨大的现实意义。

因此学习和应用数据分析已是大势所趋,为了让大家更好的了解高通量测序在疾病研究中的应用,解螺旋知识金牌联合上海美吉生物医药科技有限公司共同推出了《高通量测序与疾病研究》金牌课程,由美吉生物经验丰富的优秀讲师进行授课。

讲师团队介绍:

上海美吉生物医药科技有限公司,公司专业提供微生物多样性研究、微生物基因组测序、转录组测序、宏基因组测序、动植物基因组测序、重测序等高通量基因测序及蛋白质组、代谢组等技术服务,更能提供一站式的多组学解决方案。

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施工阶段的质量控制:技术复核

施工阶段的质量控制:技术复核

技术复核工作是工序完工后运用检测工具对产品进行校核的一项技术工作,也可应用多级检查及交叉检查制度,尽可能减少质量隐患的漏查。通过技术复核可以发现,施工效果、施工水平是否出现超出规范的偏差等。总之技术复核是对施工成果的检验,及时发现问题、及时整改、及时总结经验,便于加强以后的施工工作。

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