随着改革的深入发展，1999年本院被国务院列入为全国首批改革的242个科研院所之一，现为中央直属国有重点科技型企业。已形成了集科研、设计、设备系统集成、环保工程承包、环境监测与影响评价的科技经营型经济实体。

杭州院设有水处理研究所、环境工程部和环评中心等14个部门，共有专业技术人员301人 。其中研究员22人，高级职称69人，中级职称73人，初级职称88人，各类注册工程师53人。主要从事煤矿水处理技术、环境治理工程设计、自动化监控成套设备开发及城市生活污水、电镀、纺织印染、造纸等各种生活、工业污水的处理、利用研究及治理，除尘、脱硫脱硝治理技术的研究及成套设备的开发，酸雾、臭气、有机污染气体净化技术的研究及治理设备的开发，建筑工程设计、风景园林工程设计，环境影响评价、清洁生产审核等业务。

杭州院拥有总资产9500万元，净资产6500万元，注册资本3000万元，以及15000m的研发办公楼和占地13000m的环保装备生产基地，建有测试分析、水处理、废气治理、自动控制等多个专业实验室，具备测试分析、工艺模拟、参数校验等试验条件。2011年完成主营收入22000万元，利润1800万元。

杭州院拥有国家建设部颁发的环境工程（水污染防治工程）专项甲级资质、建筑工程设计甲级资质、风景园林工程设计专项乙级资质、环境工程（大气污染防治工程）专项乙级资质和国家环保部颁发的环境影响评价乙级资质、国家发改委颁发的工程咨询资质等。二十多年来，已完成国家和省、部级水处理的科研项目80多项，完成水处理、大气治理工程设计和总承包项目400多项、各类建筑设计项目200多项，其中达到国内或国际领先水平的科研成果15项，获得国家和省部级奖励19项，授权专利55项。

公司于1999年转制为企业，2008年随煤炭科学研究总院整体成为新组建的国资委直属央企——中国煤炭科工集团有限公司所辖子企业。2008年末上海院职工在册人数为602名，其中专业技术人员473名，高级专业技术人员140名。2004年起被上海市认定为高新技术企业 。

中国煤炭科工集团沈阳设计研究院专业配套齐全，技术力量雄厚，设计手段先进。现有高、中级工程技术人员500余人，其中教授级高级工程师75人，高级工程师225人，国家各类专业注册人员达240余人。

中国煤炭科工集团沈阳设计研究院具有与国外合作设计及独立承担国外工程设计和工程管理的能力，先后与美国、德国、波兰、澳大利亚、俄罗斯、比利时、瑞典等十几个国家进行了十余项大型工程项目的合作设计，承担了土耳其、缅甸、巴基斯坦、印度、印度尼西亚、蒙古、加拿大、巴西等国的工程设计及工程总承包,在国内外同行业中享有一定的声誉。