随着改革的深入发展，1999年本院被国务院列入为全国首批改革的242个科研院所之一，现为中央直属国有重点科技型企业。已形成了集科研、设计、设备系统集成、环保工程承包、环境监测与影响评价的科技经营型经济实体。

杭州院设有水处理研究所、环境工程部和环评中心等14个部门，共有专业技术人员301人 。其中研究员22人，高级职称69人，中级职称73人，初级职称88人，各类注册工程师53人。主要从事煤矿水处理技术、环境治理工程设计、自动化监控成套设备开发及城市生活污水、电镀、纺织印染、造纸等各种生活、工业污水的处理、利用研究及治理，除尘、脱硫脱硝治理技术的研究及成套设备的开发，酸雾、臭气、有机污染气体净化技术的研究及治理设备的开发，建筑工程设计、风景园林工程设计，环境影响评价、清洁生产审核等业务。

杭州院拥有总资产9500万元，净资产6500万元，注册资本3000万元，以及15000m的研发办公楼和占地13000m的环保装备生产基地，建有测试分析、水处理、废气治理、自动控制等多个专业实验室，具备测试分析、工艺模拟、参数校验等试验条件。2011年完成主营收入22000万元，利润1800万元。

杭州院拥有国家建设部颁发的环境工程（水污染防治工程）专项甲级资质、建筑工程设计甲级资质、风景园林工程设计专项乙级资质、环境工程（大气污染防治工程）专项乙级资质和国家环保部颁发的环境影响评价乙级资质、国家发改委颁发的工程咨询资质等。二十多年来，已完成国家和省、部级水处理的科研项目80多项，完成水处理、大气治理工程设计和总承包项目400多项、各类建筑设计项目200多项，其中达到国内或国际领先水平的科研成果15项，获得国家和省部级奖励19项，授权专利55项。