土地增值税的计税依据为纳税人转让房地产所取得的增值额。
（一） 增值额的计算
增值额是指纳税人转让房地产取得的收入减除规定扣除项目金额之后的余额。如果纳税人转让房地产收入减除规定的扣除项目后没有余额，则不需要缴纳土地增值税。
增值额的计算公式为：
增值额=转让房地产取得的收入一扣除项目
但纳税人如果有以下情形之一的，其土地增值税要按照房地产评估价格计算征收：
1、隐瞒、虚报房地产成交价格的；
2、提供扣除项目金额不实的；
3、转让房地产的成交价格低于房地产评估价格，又无正当理由的。
所谓“隐瞒、虚报房地产成交价格”，是指纳税人不报或有意低报转让土地使用权、地上建筑物及其附着物价款的行为。对该种情形，应由评估机构参照同类房地产的市场交易价格进行评估。税务机关根据评估价格确定转让房地产的收入。
所谓“提供扣除项目金额不实”，是指纳税人在纳税申报时不据实提供扣除项目金额的行为。对该种情形，应由评估机构按照房屋重置成本价乘以成新度折扣率计算的房屋成本价和取得土地使用权时的基准地价进行评估。税务机关根据评估价格确定扣除项目金额。
所谓“转让房地产的成交价格低于房地产评估价格，又无正当理由”，是指纳税人申报的转让房地产的实际成交价低于房地产评估机构评定的交易价，纳税人又不能提供凭据或无正当理由的行为。对该种情形，由税务机关参照房地产评估价格确定转让房地产的收入。
（二）房地产取得的收入
纳税人取得的转让房地产的收入，包括转让房地产而取得的全部价款及有关的经济收益。从收入形态看，包括货币收入、实物收入和其他收入。
（三）扣除项目
在计算转让房地产的增值额时，允许扣除的项目包括：
1、取得土地使用权所支付的金额。这是指纳税人为取得土地使用权所支付的地价款（指土地出让金、土地转让金）和按国家统一规定缴纳的有关费用（登记费、过户费等）。
2、房地产开发成本。这是指纳税人房地产开发项目实际发生的成本。具体包括以下费用：
（1）土地征用及拆迁补偿费，包括土地征用费、耕地占用税、劳动力安置费及有关地上、地下附着物拆迁补偿的净支出、安置动迁用房支出等。
（2）前期工程费，包括规划、设计、项目可行性研究和水文、地质、勘察、测绘、“三通一平，，等支出。
（3）建筑安装工程费，是指以出包方式支付给承包单位的建筑安装工程费，以自营方式发生的建筑安装工程费。
（4）基础设施费，包括开发小区内道路、供水、供电、供气、排污、排洪、通讯、照明、环卫、绿化等工程发生的支出。
（5）公共配套设施费，包括不能有偿转让的开发小区内公共配套设施发生的支出。
（6）开发间接费用，是指直接组织、管理开发项目发生的费用，包括工资、职工福利费、折旧费、修理费、办公费、水电费、劳动保护费、周转房摊销等。
3、房地产开发费用。这是指与纳税人开发房地产项目有关的销售费用、管理费用和财务费用。但这三项费用不是按照纳税人开发房地产项目实际发生的费用进行扣除，而是按照《土地增值税暂行条例实施细则》规定的标准进行扣除。
《土地增值税暂行条例实施细则》规定，财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。其他房地产开发费用，按前1、2项计算的金额之和的5%以内计算扣除。即此种情况下允许扣除的房地产开发费为不超过：利息 （取得土地使用权所支付的金额 房地产开发成本）X5%。
凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用按前1、2项计算的金额之和的10%以内计算扣除。即此种情况下允许扣除的房地产开发费为不超过：（取得土地使用权所支付的金额 房地产开发成本）X10%。
前述计算扣除的具体比例，由各省、自治区、直辖市人民政府规定。
4、旧房及建筑物的评估价格。这是指在转让已使用的房屋及建筑物时，由政府批准设立的房地产评估机构评定的重置成本价乘以成新度折扣率后的价格。评估价格须经当地税务机关确认。
5、与转让房地产有关的税金。这是指在转让房地产时缴纳的营业税、城市维护建设税、印花税。因转让房地产缴纳的教育费附加，也可视同税金予以扣除。
6、财政部规定的其他扣除项目。如对从事房地产开发的纳税人可按其取得土地使用权所支付的金额加房地产开发成本计算的金额之和，再加计20%的扣除；纳税人成片受让土地使用权后，分期分批开发、转让房地产的，其扣除项目金额的确定，可按转让土地使用权的面积占总面积的比例计算分摊，或按建筑面积计算分摊，也可按税务机关确认的其他方式计算分摊。
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