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最早蕨类植物学家曾将所有真蕨类列为一目,故真蕨目又名水龙骨目。1905年丹麦蕨类学家卡尔·弗雷德里克·阿尔伯特·克里斯滕森(1872–1942)将真蕨目分为10个科。1940年中国蕨类植物学家秦仁昌(1898年2月15日-1986年7月22日)将水龙骨科分为33科,从而结束了真蕨类中存在的混乱情况,引起了当时国际蕨类学界的争论和重视,并在其后的年代里逐渐为各国学者所采用。