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有机砷化合物广泛用作药物。对氨基苯胂酸氢钠盐对实验性的锥虫病有疗效 。胂凡纳明(简称606)可治疗梅毒,现存有机砷化合物已不用于治疗梅毒,但仍用于治疗非洲锥虫病和阿米巴痢疾。有机砷化合物所引起的毒性反应可用2,3-二巯基丙醇解毒。