子午工程由中国科学院牵头，教育部、信息产业部、中国地震局、国家海洋局、中国气象局等共同参与建设，中国科学院空间科学与应用研究中心(简称空间中心)作为项目法人，牵头子午工程具体建设工作。子午工程项目构想最早形成于上世纪90年代初期，并作为中国空间物理发展规划建议附件于1994年初上报国家科委。，

2005年8月，国家发改委批复子午工程项目建议书，子午工程项目正式立项。

2005年10月，子午工程项目领导小组、项目建设工程经理部和项目科技委等项目领导、执行和咨询机构相继成立。

2006年lO月，国家发改委批复子午工程国家莺大科技基础设施项目可行性研究报告，将子午工程列入国家高科技产业发展项目计划。

2007年9月，中国科学院和国家发改委分别批复子午工程项目建设初步设计和概算，子午工程建设进入实施阶段。

2008年1月，子午工程开工典礼在京召开，子午工程正式开工建设。

2012年10月23日，在北京通过国家验收进入正式运行阶段。