核二厂营运后对台湾的用电能源供应贡献卓越，然而随着台湾反核民意的升高，核电站的价值与地位也一再受到质疑跟挑战。加上美国三哩岛、苏联切尔诺贝利、以及近期的福岛第一核电站事故，相继发生意外事故后，核电站的安全问题更是备受关注。由于北台湾用电量极大，因此北部海滨还有核一厂及兴建中的核四厂。而且三座电厂皆离台湾行政经济中心的台北市不远，核一厂与台北市的直线距离只有28千米，一旦发生任何严重意外将会产生直、间接的冲击。核一厂与核二厂的附近有属于第二类断层(从更新世晚期，约十万年前至今有活动之断层)的山脚断层，一旦该断层引发强烈地震就可能危及这两座核电站。加上大台北地区(台北市、新北市、基隆市)人口密集却幅员狭小，如果发生辐射外泄，方圆二十到三十千米内的居民得要全部疏散，而这范围内包含了基隆市、台北市及新北市的东半部地区。曾于1990年代爆发秘雕鱼事件，一种畸形花身鯻。主因是水温升高，导致鱼体摄取维生素C与胶原蛋白中的hydroxyproline不足，妨碍骨骼与肌肉发育。但是只要温度降低到 32℃ 以下，3个月内就会恢复正常。所以这种畸形是可逆、可恢复的反应。