由于掠夺性采掘等多种原因，不论野生或栽培的园林植物种质资源，都有许多种类面临散失和濒于绝灭的危险。野生种质资源如兰属的某些种、变种和类型，栽培种如凤仙花的某些品种的减少，均为突出例证。保护和保存种质资源的途径除建立自然保护区和制订严格的法规外，对栽培的种和品种一般是搜集活材料，集中栽培于适合其习性要求地区的品种圃(品种资源圃或品种资源中心),在植株衰老前,通过营养繁殖及时更新。对于一、二年生草花，为防止天然异花授粉，一般实行定点、分区保护栽培，组成隔离保存优良品种原种的网点;或采用网罩等人工隔离措施，以保证原种纯正。对野生种质资源的保存多采用建立种子贮藏库贮藏种子的方式。70年代以来，许多国家纷纷建立种质库(基因库)，对种子、花粉、营养器官、组织和活植株等实行长期保存。其中茎尖组织的超低温贮藏新技术尤有发展前途。凡搜集保存的种质资源均需经过严格的检疫，编号登记，作出初步评价，并将有关形态、习性、生物学特性、生理、生化和遗传学等方面的情况和研究结果详细记入科技档案。