甲醇的汽化潜热高，易造成甲醇燃料的低温起动性能差，冬天需要采取相应措施；
甲醇与汽油混合形成共沸物，在甲醇15%配比附近甲醇汽油蒸汽压显著提高，当环境气温较高时甲醇汽油在油路中容易形成气阻，造成汽车供油不畅；
甲醇不完全燃烧易形成非常规污染排放物，其中甲醛的排放比常规汽油车排放高，容易造成汽车三元催化器中毒；
由于甲醇热值只有汽油一半不到，因此使用中、大比例甲醇汽油的汽车动力性能会受影响。
甲醇具有腐蚀性，对橡胶有溶胀作用，因此将甲醇汽油中往往要加入抗腐蚀、抗溶胀的添加剂；
甲醇是优良溶剂，进入汽缸后会破坏缸壁油膜，容易造成汽缸壁——活塞环摩擦副的异常磨损；
甲醇不完全燃烧产物中含有酸性物质，易造成发动机润滑油提前酸化。
