巢湖闸的主要作用是防洪、灌溉、城市供水和航运等。具体运作工程包括节制闸、船闸、上下游引河及导流堤、封闭堤、拦河坝等。防洪是首要功能。每逢汛期，一旦水位过高，可通过节制闸开闸放水，使湖水经裕溪河流入长江，缓解巢湖压力;灌溉也是重要功能。巢湖是农业大市，四县一区，多有大量圩垸，急需灌溉用水，而巢湖蓄水量常规时期可达50亿立方米左右，用于灌溉，实在恰到好处:至于城市供水功能，自不待言;另外，随着合(肥)巢(湖)航运公司的开设，巢湖闸的航运能力也进一步提升，更好了促进了合巢区域的经济和人文交流，给合巢区域和皖江城市带的发展提供了新的动力。
