常绿性乔木，树冠阔圆锥形，树皮赤褐色，稍光滑，为薄片状皱裂;生鳞叶的小枝扁平，排成一平面。叶为叠瓦状密生，尖端较钝，表面暗绿色，叶背略带粉蓝，球果为球形，直径约1公分，聚生在枝条前端，树皮灰红色有纵向浅裂，呈长片状剥落。树形接近塔形，树皮厚具纵列条纹，与铁杉像「云片」般的树皮不同。雌雄同株，球花单生枝顶，果球形橙褐色，种子卵圆形，具有狭翅。花期4月，果期10-11月。

此外，扁柏的枝干为「单干通直」型态，与铁杉的「很多分枝」有明显不同。树叶枝条为扁平形且密实而生，与红桧同属合称「桧木」。其叶尖钝，并不刺手，背面有明显白蜡，终年翠绿。果为球形，具果鳞。

侧柏物种为中国植物图谱数据库收录的有毒植物，其毒性为枝、叶有小毒。人、畜中毒引起腹痛、腹泻、恶心、呕吐、头晕、口吐白沫，有时发生肺水肿、强直性或阵挛性惊厥、循环及呼吸衰竭等症状叶提取物有中枢镇静作用，小鼠腹腔注射叶的水煎剂LD50为15.2g/kg，灌胃石油醚提取物LD50为24.38/kg(均相当于叶重)。树冠广卵形，小枝扁平，排列成1个平面。叶小，鳞片状，紧贴小枝上，呈交叉对生排列，叶背中部具腺槽。雌雄同株，花单性。雄球花黄色，由交互对生的小孢子叶组成，每个小孢子叶生有3个花粉囊，其内的小孢子母细胞经减数分裂产生许多不具气囊的花粉粒。

雌球花仅由4对交互对生的珠鳞组成，但只有中部的2对珠鳞各生1~2个直立的胚珠。珠鳞和苞鳞完全愈合。球果当年成熟，种鳞木质化，开裂，种子不具翅或有棱脊。

栖地分布:台湾扁柏分布在海拔1500公尺至2500公尺之间的云雾带。与红桧构成台湾桧木林带之主要树种，为世界仅有，具有高度经济价值。