被子植物在阶层系统中的地位和名称至今意见不一，有的作为门，有的作为亚门或纲。除了少数分类系统外，被子植物通常被分成双子叶植物和单子叶植物两大部分，但不同的分类系统给予这两大类群以不同的等级和名称──有的作为纲，即双子叶植物纲和单子叶植物纲,有的则作为亚纲,即双子叶植物亚纲(Dicoty-ledonidae) 和单子叶植物亚纲（Monocotyledonidae）。这两大类群彼此以若干性状相区别(表1),但孢粉学资料并未提供它们之间存在着明显界线的证据。分支系统学家则认为单子叶植物和双子叶植物是非单元发生的并系类群，在自然分类系统中应予排除。

亚纲又进一步被分为超目和目。超目这个介于亚纲和目之间的分类阶元已被现代的被子植物分类系统普遍采用。

科是植物学家和非行家最常用的高级分类阶元。但被子植物科的数目依不同的分类系统及各学者对科的范围看法不同而有较大的变化,一般在300～450之间,1987年А．Л．塔赫塔江画分为 533个科。被子植物科的内容变化也很大，从只含一个属和一个种的单型科如昆栏树科(Trochodendraceae)和杜仲科(Eucommiaceae)到属以百计和种以千计的庞大的多型科如菊科（Asteraceae），大戟科(Euphorbiaceae)和茜草科(Rubiaceae)。尽管科的数目和内容有较大的变化，但学者基本一致的看法是大约有200左右的科是“核心的科”。

P.H.戴维斯和J.克伦的《有花植物科的鉴定》第二版(1979)、R.基辛格等修订的《桑纳有花植物科解析检索表》(1981)以及A.克朗奎斯特的《有花植物的综合分类系统》(1981)载有迄今最完备的世界有花植物的分科检索表。

然而，目（甚至超目）在不同的分类系统不仅数目相差悬殊，而且名称和内容大相径庭。目除了用在分类系统的正规描述中外，并非广泛使用。许多分类学家喜欢非正式地应用科以上水平的分类学单位。