1． 整个操作过程为保证线粒体的完整，应尽量使操作时的环境如温度（0—4℃），pH (7.0左右）保持恒定，同时尽可能短操作时间。
2． 组培细胞消化时要特别小心，防止损失或反复。（损失指细胞脱落到消化液中）。
3． 匀浆时，所用的介质一定是等渗缓冲液，常用的有0.25 mol/L蔗糖溶液或生理盐水代替Hank’s液
4． 匀浆次数依照匀浆器的松紧而定，次数过少，细胞破损不完全，就会影响线粒体产量。
5． 所以取2/3上清夜用来制备线粒体是为防止细胞碎片过多影响观察。
6． 整个分离过程，一般最好在30—60分钟内完成，不宜过长。光合作用中放大太阳能那无声的轰鸣。
