为块状，直径10cm，直立生长。洗净后为黄色，外形和菠萝极为相似，表面覆盖物较少。生长期间，主茎上可分生出许多小根茎，剥离后，另行栽种可发育为新的植株。一般情况下，直立型根茎品种生长旺盛，开花繁密。部分种植者建议应使根茎直立种植，但有人将其水平种植，顶芽露出土外，也曾获得成功。芘碧睡莲的根茎也为直立型，但因其根茎较小，而归入手指型根茎。主要品种有“印第安纳”（变色）、“克里三萨”（变色）、“渴望者”（变色）、“克罗马蒂拉 ”（橙黄色）、“保罗·哈利特”（变色）、“索芙雷”（杏黄色）等，多为黄色及橙色变色系列品种，其中有墨西哥黄睡莲。
