清水圆柏，多年生常绿矮灌木，株高0.3-1公尺，枝干横生爬地，红褐色，植株低矮而向四周扩展，树形极特殊；叶鳞片状，交互密生，粉绿色。
茎：清水圆柏的茎干会因生长环境不同而表现出不同样貌。生长在风冲地带的个体因受强风影响，多呈匍匐状。风力小的山谷或背风处的个体则为直立灌木或小乔木。
叶：清水圆柏的叶有刺形叶和鳞片叶两型或全为鳞片叶。幼叶线形，锐头，表面凹，下面有棱，对生或三叶轮生，长约0.6公分，宽约0.1公分。普通叶鳞状，十字对生，长约0.15公分，宽约0.2公分。
毬花：清水圆柏的雄毬花单一，顶生或腋生。雌毬花圆球形，有4至-8对对生或3片轮生的珠鳞。
毬果与种子：清水圆柏的毬果圆球形，种鳞肉质，直径约0.5公分，成熟为蓝紫色，内有种子二或三枚。种子三角状椭圆形，长约0.3公分，宽约0.2公分。
