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台湾分布：清水圆柏在台湾仅分布于花莲县清水山、塔山、岚山等地的石灰岩砾石地区，海拔高度约在1800至2400公尺之间。
清水山及岚山地区的清水圆柏曾遭人挖采。野外分布区域小于100平方公里，实际生长所占面积小于10平方公里，目前已知的生育地少于5个，加上天然更新差与人为盗采，保育等级列为严重濒临绝灭。
世界分布：清水圆柏为圆柏变种，圆柏广泛分布于中国大陆，而清水圆柏仅分布于日本南部与台湾。
