木质软硬适中，细致，有香气，耐腐力强，多用于建筑、家具、细木工等。用种子榨油，供制肥皂、食用或药用。

中国传统中医学认为，柏树发出的芳香气体具有清热解毒、燥湿杀虫的作用，可祛病抗邪，培养人体正气。据测试，其主要成分为菘萜、柠檬萜。这些天然物质不仅能杀灭细菌、病毒，净化空气，而且具有松弛精神、稳定情绪的作用。人们吸入柏树的香味后，可使血压下降，大脑血流量减少，抑郁情绪得到缓解。有些国家开展森林疗法，让癌症病人到柏树林中去休闲娱乐，多数患者精神状态改善，有的还消除了化疗引起的恶心呕吐反应。

柏树全身是宝，树脂、树油、果实、枝节、树叶种子、根和树皮均能入药使用。而以侧柏的种子柏子仁和侧柏叶在临床上应用得最为广泛。

柏子仁性味甘、平，有养心安神、润肠通便的功用。柏子仁配伍酸枣仁、茯神、地黄、当归、五味子、远志、人参等，治惊悸、失眠。柏子仁、大麻仁、松子仁等量，研末服用，治老人或产后便秘。

柏叶性味苦、涩，寒，有凉血、止血、祛风湿、散肿毒的功用。新鲜侧柏叶适量，水煎服，治百日咳，又治溃疡病合并出血。