多羽叉叶苏铁与叉叶苏铁(C. micholitzii)类似，与叉叶苏铁的羽片解剖特征也非常接近。但多羽叉叶苏铁羽叶通常4~10片，小叶柄长5~35mm，大孢子叶顶片较长而细尖和叉叶苏铁区别。 王定跃(2000)和黄玉源(2001)均将其看做独立的种，而Chen&Stevenson(1999)、陈家瑞(2000)和Whitelock(2002)将多羽叉叶苏铁作为叉叶苏铁的异名处理，认为它们是同一物种，但未给出合并的根据。在羽片比较解剖学研究中，发现叉叶苏铁和多羽叉叶苏铁在上述形态解剖特征均十分接近，甚至很难区分，表明二者关系非常密切。
