石灰性土壤对磷有强烈的固定作用，因而土壤溶液中的磷浓度很低，且移动性很小。磷的移动性与土壤含水量有密切关系。而石灰性土壤处于降水较少的干旱及半干旱区，磷向根表的扩散和根系的生长都因土壤含水量偏低而削弱。因此，干旱也是植物缺磷的原因之一。缺磷是我国大面积石灰性土壤多种植物生长的限制因子。

土壤中锌的溶解度受pH值的影响，一般pH值升高一个单位，锌的溶解度下降100倍。石灰性土壤pH值高是造成植物缺锌的重要原因。其次，土壤溶液中高浓度HCO3-也会抑制根系生长，使植物摄取锌的总量下降。此外，高浓度HCO3-还影响植物体内锌向地上部的运输。我国石灰性土壤上玉米、水稻及果树等缺锌现象十分普遍。

旱地石灰性土壤上常发现某些植物如大麦缺锰。通气良好和高pH值都会促进Mn 2+被氧化，尤其是干旱条件下水分不足更限制了活性锰向根表的迁移及其在体内的运输，从而使植物缺锰。但在通常条件下，缺锰并不像缺铁和缺锌那样普遍。