第一代生物燃料以玉米、小麦等粮食作物为主要来源，但由于"与粮争地"、"与人争食"，导致世界粮食价格飞涨，被多方所诟病。而且，第一代生物燃料在性能和安全性方面也不符合航空燃油的标准，不能与现有飞机及其引擎兼容，无法应用于航空业。
第二代生物燃料主要包括三大类植物:草、树和海藻。草和树生长在陆地上，容易培育，但需要复杂的处理程序;海藻生长在水里，培育起来比较复杂，但容易轻易转化为高品质的生物柴油。
而国际航空运输协会在经过多年研究和评估之后，最终确定了可用于航空运输业的第二代生物燃料有藻类、麻风树、亚麻籽、盐生植物等。
