母联断路器的使用，使得继电保护的动作有了选择性，提高了供电可靠性，但她也有一些负面影响:
1、保护发出动作跳闸指令后，如果母联断路器因操作机构发生拒动、二次控制回路解环等原因造成断路器不能正常跳开，必须通过母联失灵保护(一般带200ms以上延时)切除另外一条与之相连的母线上元件，切除时间较慢，会对系统绝缘带来一定的冲击。
2、母联断路器需要配置隔离刀闸，并列分列运行操作复杂，且易发生刀闸接地等操作故障。
3、母联合闸运行时，两条母线通过母联交换功率，当母联电流互感器二次回路断线时，鉴于母联上功率方向不确定性，继电保护的动作一定会失去选择性。
