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台湾穗花杉于地质史上为新生代第三纪变动后的孑遗物种，根据化石纪录穗花杉科自白垩纪晚期以来，曾广泛分布于北美西部及欧洲等地区，现仅有穗花杉1属3种，且大多以小族群散布于台湾及中国南部、中部、西部及越南北部。
台湾穗花杉主要分布于台湾南部中央山脉海拔800至1400米间的原始阔叶林中，生育地有大武山、大里立山、姑子仑山、茶茶牙赖山、大汉山、浸水营、里龙山及草埔等地，在棱线两侧散生或呈带状不连续散分布，大里力山至渡鸭原山支棱为台湾穗花杉分布的最北界，里龙山为最南界。
