​小斑叶兰植株高10-25厘米。根状茎伸长，茎状，匍匐，具节。茎直立，绿色，具5-6枚叶。叶片卵形或卵状椭圆形，长1-2厘米，宽5-15毫米，上面深绿色具白色斑纹，背面淡绿色，先端急尖，基部钝或宽楔形，具柄，叶柄长5-10毫米，基部扩大成抱茎的鞘。

花茎直立或近直立，被白色腺状柔毛，具3-5枚鞘状苞片；总状花序具几朵至10余朵、密生、多少偏向一侧的花，长4-15厘米；花苞片披针形，长5毫米，先端渐尖；子房圆柱状纺锤形，连花梗长4毫米，被疏的腺状柔毛；花小，白色或带绿色或带粉红色，半张开；萼片背面被或多或少腺状柔毛，具1脉，中萼片卵形或卵状长圆形，长3-4毫米，宽1.2-1.5毫米，先端钝，与花瓣粘合呈兜状；侧萼片斜卵形、卵状椭圆形，长3-4毫米，宽1.5-2.5毫米，先端钝。

花瓣斜匙形，无毛，长3-4毫米，宽1-1.5毫米，先端钝，具1脉；唇瓣卵形，长3-3.5毫米，基部凹陷呈囊状，宽2-2.5毫米，内面无毛，前部短的舌状，略外弯；蕊柱短，长1-1.5毫米；蕊喙直立，长1.5毫米，叉状2裂；柱头1个，较大，位于蕊喙之下。花期7-8月。