使用微生物燃料电池产生的功率大小依赖于生物和电化学这两方面的过程。

受到如下因素的影响，包括细菌细胞的总量，反应器中混合和质量传递的现象，细菌的动力学(p-max--细菌的种属特异性最大生长速率，Ks--细菌对于底物的亲和常数)，生物量的有机负荷速率(每天每克生物量中的底物克数)，质子转运中的质子跨膜效率，以及MFC的总电势。

一般而言，测量MFCs的开放电路电势(OCP)的值从750mV~798mV。影响超极化的参数包括电极表面，电极的电化学性质，电极电势，电极动力学以及MFC中电子传递和电流的机制。

与在阳极观测到的现象相似，阴极也具有显著的电势损失。为了纠正这一点，一些研究者们使用了赤血盐(hexacyanoferrate)溶液。但是，赤血盐并不是被空气中的氧气完全重氧化的，所以应该认为它是一个电子受体更甚于作为媒介。如果要达到可持续状态，MFC阴极最好是开放性的阴极。