心材含挥发油(白檀油)3-5%。油含A檀香萜醇和β-檀香萜醇(α-,β-Santalol)90%以上,檀萜烯(Santene)、α-檀香萜烯和β-檀香花烯(α-,β-Santalene)、檀萜烯酮(Santenone)、檀萜烯酮醇(Santenone alcohol)、及少量的檀香萜酸(Santalic acid)、檀油酸(Teresantalicacid)、紫檀萜醛(Santal aldehyde)。树干、枝和根的心材含挥发油(白檀油)1.6%-6%;根部心材产油率达10%,茎部心材次之。挥发油的主成分为α-及β-檀香醇(α-,β-santalol),达90%以上;并含α-及β-檀香烯(α-,β-santalene)、檀烯(santene)、檀萜酮(α-santenone)、α-檀萜醇(α-santenol)、檀香酮(santalone)、檀香酸(santalic acid)、檀油酸(teresantalic acid)、异戊醛(isovaleraldehyde)、檀油醇(teresantalol),以及三环准檀香醛(tricycloekasantal)。本部分另含檀香色素(santalin)、去氧檀香色素(deoxysantalin)及银槭醛(sinapyl aldehyde)、松柏醛(阿魏醛,coniferyl aldehyde,ferulaldehyde)、紫丁香醛(syringic aldehyde)、香荚醛(vanillin)。另报道国产檀香木含挥发油量高达10%,通常为2.5%-5%,云南引种7年的小树出油率较低(1.52%),侧枝更低(0.51%)。用GC-MS测定了含量较低的各组分,在20个化合物中,12个是已知化合物,如三环准檀香醛、α-檀香烯、α和β-檀香醇、α和β-檀萜醇,以及反-α-佛手烯(trans-α-berg-amotene)、香榧醇(nuciferol)及α-姜黄烯(α-curcumene)等。