饮水机是利用空气压力原理工作的，取水的同时，等量的空气也进入饮水机中。即便是清洁环境中，空气中也有4000个/平方米的细菌，同时一氧化碳、烟雾毒物、飘尘及微生物，都会随空气带入饮水机中，从而污染原纯净水。水体中的微生物，如藻类病菌等，经过一段时间的繁殖，会达到危害人体健康的浓度，导致饮水机二次污染。一桶水喝的时间越长，细菌繁殖的数字就越惊人，从而对人体健康造成严重危害。
另外，饮水机通常是桶装水的桶颈倒过来后放在饮水机凸出的座上，然后由机内的软管将水导入两个水胆内，其中一个是热水胆，一个是冷水胆，这两个水胆除了起到出冷热水的功能外，还可起到沉淀水中杂质的作用。人们通常不断重复更换桶装水，却忽视了饮水机内胆还存有近1000毫升的水，这水中就会隐藏着致病细菌，久而久之便成了细菌滋生的温床。
