黑木耳在生育过程中，如果管理粗放或在高温高湿的条件下往往病虫害发生严重。因此，在栽培中必须加强管理和认真做好病虫害的防治工作。

为害黑木耳的杂菌，较常见有黑疔、革菌、多孔菌、青霉、木霉等。常见的害虫有蜗牛、菌蛆、蓟马、蛞蝓、伪步行虫、四斑丽胛等。防治上应认真贯彻"预防为主、综合防治"的方针。 一般应抓好以下几点防治措施:

1.在砍树、剃枝、截段、翻堆等过程中，尽量不要损伤树 皮，截口和伤口要用石灰水消毒，以防杂菌侵入。

2.选用优良菌种，适当提早接种季节，把好接种质量关，使黑木耳菌丝在耳木中首先占优势，以抑制杂菌为害。

3.认真清理耳场，并撒施石灰粉进行地面消毒和喷200倍的敌敌畏药液消灭越冬害虫，以切断病源和虫源。

4.耳木上出现杂菌，应及时刮除，以防孢子扩散，并用石灰水 洗刷耳木，放于烈日下曝晒2~3天，然后再用来苏尔喷雾杀灭。

5.害虫应根据不同的种类采用不同的药物防治。对蜗牛、蛞蝓等可用300~500倍的五氯酚钠喷洒地面驱除，或于清晨傍晚进行人工捕捉。也可用1:50:50的砷酸钙加麦皮加水制成毒饵诱杀。蓟马可用15000~3000倍的乐果喷杀。伪步行虫，可用1000~1500倍的敌敌畏或0.1%~0.2%的敌百虫喷雾杀灭。四斑丽呷可用鱼藤精喷杀，也可用300~500倍的敌敌畏喷洒地面驱赶成虫。