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方柱石产于富钙的区域变质岩中，几乎所有的变质相带里都有方柱石的产出。在矽卡岩中，也经常有方柱石的产出，一般产干高级变质带中;
方柱石为气成作用产物。在火山岩空隙中发育成完好的无色晶簇。更常见于酸性和碱性岩浆岩与石灰岩或白云岩的接触交代矿床中，与石榴石、透辉石、磷灰石等共生。当方柱石普遍发育时可构成方柱石岩。方柱石交代斜长岩的现象十分普遍。方柱石易遭受风化和热液蚀变。常可为绿帘石、云母、钙长石等所交代，在风化过程中可变为高岭石质粘土。
有方柱石的产出，一般产干高级变质带中;
