1.原石的鉴别:四方柱状晶体，晶体两端常破碎，晶面上有密集的纵纹。2.成品鉴别:方柱石易于与石英、绿柱石类宝石相混。
石英为一轴晶(+)，而方柱石为一轴晶(-)，紫色方柱石与紫晶很相似，但紫色方柱石的折射率和双折射率都较低，折射率为1.536-1.551，两个RI值小于1.550，双折射率为0.005。方柱石的折射率值与绿柱石宝石折射率重叠时，绿柱石的双折射率约为0.006。此时，方柱石的双折射率明显较大，另外，方柱石的多色性与荧光特征亦是区分依据之一。
紫色方柱与紫晶和堇青石RI、DR、及颜色上易相混
紫色方柱石 | 紫晶 | 堇青石 | |
颜色 | 浅紫、紫色 | 紫色、紫红色 | 紫蓝色、蓝色 |
折射仪RI | 1.53-1.54 | 1.544-1.553 | 1.54-1.55 |
折射仪 DR | 0.004-0.009 | 0.009 | 0.008-0.012 |
折射仪 光性 | 一轴(-) | 一轴(+) | 二轴晶 |
二色镜 | 二色性明显 浅紫至深紫色 | 二色性明显 紫色至蓝紫色 | 三色性显著 紫蓝色\蓝色\浅黄色 |
放大观察 | 典型的针管状包体为方柱石的有效识别特征 | 折边生长色带，带状的红色包体，气液两相包体 | 晶体包体，常见锆石晕，也可含赤铁矿包体，多时呈红色，构成血射堇青石。 |
相对密度 | 2.50± | 2.65 | 2.57 |
方柱石(无色\黄色)易于绿柱石和水晶相混
方柱石 | 绿柱石 | 水晶 | |
折射仪RI | 1.54-1.58 | 1.56-1.59 | 1.544-1.553 |
折射仪DR | 0.009-0.026少数0.037 | 0.004-0.009 | 0.009 |
折射仪光性 | 一轴(-) | 一轴(-) | 一轴(+) |
偏光仪 | 黑十字干涉图 | 黑十字干涉图 | "牛眼"干涉图 |
相对密度 | 2.5-2.74浅色偏高 2.65重液中下沉 | 2.70-2.90 2.65重液中下沉 | 2.65 在2.65重液中悬浮 |
显微镜下 | 可见针管状包体 | 可见不连续状针管状包体，构成"雨状"包体 | 气液包体，晶体包体负晶 |
