了解实验室超纯水机，就必须要了解超纯水机需要去除的水中杂质。水中杂质通常分为九种。
微粒物质。包括泥沙、铁锈、藻类、悬浮物等肉眼可见的微粒杂质，微粒物质是造成浊度、色度、气味的主要来源。
胶体物质。胶体物质是比离子物质大而比颗粒物质小的物质。胶体是许多分子和离子的集合物。
离子物质。包括阳离子和阴离子。离子物质通常易溶于水中，可以用离子交换或除盐等方法予以去除。
不反应的溶解气体。是指如氮气等不与水产生化学反应，产生引入离子污染物到水中的化合物且影响水的PH值的气体。
可反应的溶解气体。天然水中常见的溶解气体有氧气、二氧化碳，有时还有硫化氢和氨气等。这些溶解于水中的气体，大都对金属有腐蚀作用，是引起水系统金属腐蚀的重要因素。
微生物。主要指水中的细菌含量。
热源。热源又称细菌内毒素，主要用于医药用水特别是注射用水时需考量热源的含量控制。
有机物。水中的有机物主要是腐殖酸、生活污水和工业废水的污染物。
残留消毒剂。自来水公司为控制水中的细菌含量，会添加消毒剂来控制总细菌数。常用的消毒剂为含氯制剂，当氯加到水中会产生含氧化性极强的化合物如余氯。
