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与传统的化学电池相比，生物电池具有操作上和功能上的优势。
1、它将底物直接转化为电能，保证了具有高的能量转化效率。
2、不同于现有的生物能处理，生物燃料电池能在常温常压甚至是低温的环境条件下都能够有效运作，电池维护成本低，安全性强。
3、生物燃料电池不需要进行废气处理，因为它所产生的废气的主要组分是二氧化碳。
4、生物燃料电池具有生物相容性，利用人体内的葡萄糖和氧为原料的生物燃料电池可以直接植入人体
5、在缺乏电力基础设施的局部地区，生物燃料电池具有广泛应用的潜力。
