烤烟漂浮育苗的病虫害防治要以预防为主，消除病源，控制发病条件。鉴于烟草农残的控制要求，漂浮育苗的病虫害防治已由传统的农药防治转向物理防治。常用的物理防治方法有物理植保技术，比如水媒传播的青枯病、猝倒病以及霜霉病等可利用空间电场生物效应中的空间电场防治法予以控制，而飞翔类蚜虫等可以通过设置防虫网、光诱与色诱相结合的阻隔-电击杀法控制。蛞蝓、线虫的危害可以采用土壤电消毒法进行控制。
在认真做了育苗前的各项消毒工作后基本不会有病虫害的发生。如果育苗过程中出现病株就应及时清除，同时对其它未感病的烟苗喷施防治药剂。在漂浮育苗过程中要特别注意病毒病的预防，剪苗前或剪苗后应及时喷施防病毒病的药剂。
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