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三种不同的核酸酶——S1核酸酶、RNA酶、外切核酸酶Ⅶ被用来进行RNA定量,确定内含子位置,以及用来鉴定在克隆的DNA模板上的mRNA 5′端和3′端的位置。当检测RNA被杂交到DNA模板上时,用核酸酶S1进行保护试验的分析;当检测RNA被杂交到来自DNA模板的RNA上时用RNA酶。外切核酸酶Ⅶ有更专一的用途——对短的内含子作图并解决S1核酸酶保护试验中出现的异常情况。