当耳木长出耳芽时，应及时将耳木以“人”字形排列于横木上，每根相距7～8厘米，保持40～60度的倾斜度，一般湿度大的可架陡些，湿度低的应架平些。室内或坑道内栽培，可将耳木斜靠在墙壁两侧，中间再架“人”字架。旷地上还应搭棚遮荫，以防日晒雨淋。
起架后通风透气好，由于出耳前期气温较低，应注意防风、保暖、保湿。后期气温高，要加强通风和在场地周围及棚顶栖水降温。
子实体发生后，要求耳木要有较高的含水量，并保持90%以上的空气相对湿度，才能促进子实体生长健壮，色白朵大。一般在晴天气温高时每日喷水4～5次，阴天少喷，雨天不喷，朵大的多喷，朵小的少喷，一般喷至耳片透明，边缘无收缩为区。若耳木含水量高，用喷雾器向空间喷水或地面浇水，提高空气湿度。喷水应采用轻喷，切忌一次喷水过多，影响菌丝生长和引起耳基腐烂。采耳前1～2天应多喷些水，以利子实体迅速长大，每批采收后停止喷水1～2天，以防止耳基腐烂和感染杂菌，提高出耳率。
室内及坑道栽培，应注意通风换气，特别在梅雨和高温季节，保持空气流通，减少杂菌发生和防止烂耳。
银耳栽培的季节，正值高温多雨时期，病虫害发生严重。在防治上应坚持“预防为主，综合防治”的方针，严格做好栽培场地的杀虫灭菌和段木的消毒处理。
在生产上常见的杂菌，感染段木的主要有棉腐菌、裂褶菌、云芝、木霉等；为害子实体的，主要有青霉、木霉、织壳霉（俗称白粉病）、红酵母等。其中以织壳霉最常见，为害最严重，发病的耳片形成一层粉状物，并使子实体僵化。防治上以 抓好栽培场所的清洁卫生和通风换气为主，防止或减少病害发生。对发病严重的子实体应及时摘除，然后再喷石硫合剂进行控制。耳木污染其他杂菌对应及时刮除刷洗，然后用石灰水消毒，置阳光下晒1～2天再恢复管理。
常见的害虫有线虫、螨类、菌蝇、蛞蝓等，其中线虫是引起烂耳的主要虫害，侵害耳基使耳片得不到营养而腐烂。在预防上，用水要干净，防止水中带有线虫，段木勿沾泥土，防止线虫入侵。对已发生的烂耳，应及时刮除，并用清水刷洗，防止蔓延。药物防治可用1%醋酸或稀释4倍的醋，或0.1%～0.2%敌百虫喷射耳木，可以抑制线虫的繁殖。螨类也是银耳的主要虫害。繁殖极快，常蛀食菌丝和耳根，发生后，应用0.5%的敌敌畏喷洒耳场并用1：800倍的20%可湿性杀螨砜浸湿耳木（浸后立即取出）或喷湿耳木进行防治。也可用800倍的乐果或敌百虫喷杀。
