藻类含叶绿素或其它光合色素，营独立生活。根据植物体的形态，细胞壁的组成物质，色素体的形态和主要色素的种类，繁殖方式，贮藏物质等的不同分为6门。
绿藻门
多生于淡水，少数生于海水，陆生者多分布于阴湿环境。植物体多种多样，有单细胞的，如小球藻属(cLlorella)，单细胞群体的，如盘藻属(GOnium);多细胞丝状体而不分枝的，如水绵属(Spirogyra)，多细胞丝状体而分枝的，如刚(Cladophora)。此外还有膜状的，如石zhuan属(Ulva)或非细胞结构的，如管藻目(Siphonales)。
绿藻的细胞壁分内外二层，外层由果胶质组成，内层由纤维素构成。每个细胞通常只有一个细胞核。色素体1~多个，形状有杯状，网状、片状、带状等。色素体主要含叶绿素，其它还有胡萝卜素、叶黄素等。故呈草绿色。淀粉核埋在色素体里，数目随种
类而不同。贮藏之物是淀粉。繁殖时形成的游动孢子具有等长的鞭毛2或4条。
不等鞭毛藻门
生于淡水、土壤表面或土壤中。植物体的形态和组成与绿藻门相同。 不等鞭毛藻的细胞壁通常是果胶质或含有硅质，丝状体者含纤维素。色素体盘状，1至多个，含叶黄素比叶绿素多，故呈黄绿色。淀粉核1个，常裸露无淀粉包被或无淀粉核。贮藏物质是脂肪和麦白蛋白。多数种类每个细胞中只有一个细胞核。游动孢子有不等长的鞭毛2条。
硅藻门
生于淡水及海水中。一般是单细胞或单细胞的群体。硅
藻的细胞壁由硅质和果胶质组成，果胶层常相粘结，形成群体。壁分两瓣套合，盖合的一瓣称为上壳，被盖合的一瓣称为下壳，瓣的上面称为瓣面，瓣面上有左右对称或辐射对称的花纹，两瓣的侧面，套合成双层的部分称为带面。有的硅藻，两瓣面的中部各有一条裂缝，称为脊，脊的两端和中央各有一环状增厚部分，称为节。细胞中仅含一细胞核。色素体的形状和数目随种类而不同，含叶黄素、胡萝卜素、叶绿素和藻黄素，故呈黄褐色、绿色或蓝色。贮藏的物为脂肪和沃露汀(Volutin)，散生在原生质中。有性繁殖时，配子同型，具2条不等长的鞭毛。
褐藻门
多数生长于较寒冷的海水中。
植物体是藻类中分化最复杂和体形最大的种类。高级的种类体形上有类似根、茎、叶的分化形态，内部结构有同化、贮藏、机械和分生细胞的初步分化，低级的种类有分枝的丝状体或片状体，分枝为二歧分枝式。
有时植物体上有或大或小的囊状物，里面贮有气体，所以称为气囊。褐藻主要含褐色的褐藻素，也含有叶黄素、胡萝卜素和叶绿素，故通常呈褐色。色素体的形状不规则。不含淀粉核。光合作用产物有单糖类和多糖类。游动孢子具不等长侧生的鞭毛2条。本门重要药用植物有海带Laminaria japonica Aresch.、昆布Eckloniakurome Okam、海藻属(Sargassum)植物等。
红藻门
生长于海水中。植物的外形和内部构造似褐藻，也有类似的分化，但植物体较小。同一植物有三种植物体:孢子体、雌配子体和雄配子体，三种植物体在外形上没有什么区别。
红藻主要含有藻红素和叶绿素，也含有藻蓝素、胡萝卜素和叶黄素，因而很多种类呈红色;光合产物为红藻淀粉，一般散生在原生质里或呈颗粒状，无淀粉核;无着生鞭毛的游动孢子。药用植物有石花菜Gelidiun amansii lamx，海人草Digenea simplex(Wulf.)C.Agardh等。
植物体的营养细胞内无叶绿素及其它光合色素，一般营寄生或腐生生活，寄生就是从活的有机体中获得营养物质;腐生就是从有机体的残骸上获得营养物质。也有兼营寄生和腐生的种类。菌类植物共分三门:细菌门、粘菌门和真菌门。
细菌门
分布很广，是一群低等的、微小的单细胞植物，单独生存，有时成群体(菌落)，存在，没有明显的细胞核。不含叶绿素，少数种类合有其它色素，大多营寄生或腐生生活。细菌的外部形态有三类:①球菌(Ccccus)，常呈球形,直径1-2μm,球菌又分细球菌、双球菌、链球菌、四球菌、八球菌和葡萄球菌、②杆菌(Bacillus)，杆形，长1~4μm，宽1/2~1μm，有者生有鞭毛;③螺旋菌(Spirillum),细胞长形而弯曲，略弯曲者称为弧菌(vibrio)，弯曲成几个波纹者，称为螺旋菌和螺旋体(Spirochaeta)，螺旋菌也有着生鞭毛者。
粘菌门
粘菌的营养体是裸露的原生质体，称为变形体。变形体通常是不规则的网状，直径大者可达数厘米，灰色、黄色、红色或其它颜色，无叶绿素，内含多数细胞核。
由于原生质的流动，因而能蠕行在附着物上，并能吞食固体食物。变形体也有感光作用，平时移向避光的一面，繁殖时移向光亮的地方。粘菌营养体的结构，行动和摄食方式与原生动物相似，其繁殖方式又与植物相同，故粘菌兼有动物和植物的特性。除少数寄生在种子植物上外其余都是腐生。
真菌门
多数种类营养体的构造为分枝或不分枝的丝状体，每一条丝称为菌丝(Hypha)，组成一个植物体所有的菌丝称为菌丝体(Mycelium)。高级的种类菌丝体在有性繁殖时形成各种子实体，如常见的银耳、菌灵芝、蘑菇等都是子实体。
真菌的细胞壁大多由几丁质构成，细胞内常有多个细胞核。不含叶绿素。寄生或腐生或兼营寄生和腐生生活。贮藏物质以肝糖为主，也常含有油脂，但不含淀粉。药用植物较多。
地衣门类只有1门，是植物界中最特殊的类型，是菌类和藻类的共生体。共生体由藻类行光合作用制造营养物质供给全体，而菌类主要行吸收水分和无机盐。植物体主要由菌丝体组成，以子囊菌最多;藻类多分布在表面以下的1至数层，以绿藻或蓝藻为多。
常见的地衣有:
①壳状地衣，植物体紧贴子附着物上，不能分离。这类地衣上层为交错紧密的菌丝层，中间为藻类和菌类混生，最下面为疏松的菌丝贴在附着物上。
②叶状地衣，植物体扁平，由成束的菌丝与附着物相连，能与附着物分离。上层为紧密组合的菌丝，中层为藻菌混生，下层与上层相同但较薄。叶状地衣可以长得很大。
③枝状地衣，植物体直立或悬垂，圆柱状或扁平，有分枝。其中心是菌丝，、中间层为藻类，最外层又为菌丝。药用有松萝属(Usnea)的植物。
