尽管该技术已经比较成熟，反应器的成本却非常昂贵。2006年在卡塔尔建立的、用FTS将天然气转化为液态燃油的工厂耗资16亿美元，平均每天生产34,000桶液态油。如果一个生物质炼制工厂的投资达到这种规模，该炼制厂必须每天转化5,000吨生物质，持续15到30年，才能生产足够的燃料以收回投资。将这么多生物质集中到一个地点完成生产存在严峻的后勤和经济性挑战，所以合成气技术的研究主要集中在如何降低投资成本方面。
按照能源部的新研究计划，科学家们将关注如何使生物质的产出最大化，以及优化生产的过程--纤维材料降解到糖之后，优化发酵过程使糖转变为乙醇。能源部研究计划的核心是利用生物技术发展一个新能源工业:新能源产品能够储存和传输;能够分配给现有的加油站等基础设施;现有设施只需作适度的调整;能够供给目前的大部分汽车使用。
